1987年估计，云南滇金丝猴不超过1,000只，1993估计，西藏芒康约有1,000只。 1987-1994年的全面调查，共落实野生猴群13个，约1,500 只。 2003年中国科学院昆明动物研究所调查结果表明该物种数量有所增长，达到近1,700只。 2004年10月调查结果表明，野外现存滇金丝猴共有15群，全部种群数量约为1,700只，其中西藏芒康滇金丝猴国家级自然保护区内有3群，数量为300多只；云南白马雪山国家级自然保护区内6群，数量为1000只左右，云岭省级自然保护区内有3群，数量为150只左右；云南省玉龙、兰坪和剑川三县交界之处有2群，数量为200只左右；云南德钦县在接近西藏芒康县交界之处还有1群，数量为80只左右。 全球，2006年的总种群估计在不到2,000只，成年个体少于1,000只，种群呈下降趋势。
2013年8月7日，中法生物学家联合考察团在经过多天的实地考察和分析研究后对记者透露，中国的滇金丝猴数量已增至3000多只。
据史料记载，中国古代的滇金丝猴分布区域广泛，由于人类活动的影响，才逐渐退缩到云南与西藏交界的一隅，终年生活在冰川雪线附近的高山针叶林带。这里坡陡崖深，地理环境和气候条件十分恶劣。已查明滇金丝猴自然种群仅存13个，约1000-1500只，它们活动在金沙江与澜沧江夹峙的云岭山脉，行政区划是西藏的芒康，云南的德钦、维西、兰坪和丽江等五县境内“已极度破碎的高寒冷杉林带之中”，分布面积约两万平方公里。这些自然种群处于彼此隔离的状态，呈岛屿状分布，各群体之间无法进行基因交流。滇金丝猴已经到了灭绝的边缘。保护生物学认为，有一类物种叫做“关键种”，它在生态系统中起着主导作用。关键种的兴衰直接影响着系统中其它物种的兴衰。生态系统中的关键种往往是植物。例如在云岭山脉的关键种就是云杉和冷杉，它关系到林中无数物种的生存，包括滇金丝猴。所以，一旦这两个树种毁灭，必将导致整个森林生态系统分崩离析。
当云岭山脉凶猛的食肉动物相继灭绝和濒临灭绝的时候，滇金丝猴的天敌，便只剩下最危险、最可怕的“人”了。由于森林不断被砍伐，滇金丝猴的栖息地正在加速破坏，往昔连成一片的大森林被切割得支离破碎，呈弧岛分布。13个滇金丝猴的自然种群相互隔离，各猴群之间不可能进行基因交流，造成近亲繁殖，种群退化。又由于滇金丝猴分布区内居民有藏族、傈僳族、彝族、纳西族、白族、普米族等众多少数民族，他们多有传统的狩猎习惯，其中尤以傈僳族的狩猎风俗为甚。而滇金丝猴这一濒危物种，对于猎杀的承受力极小。专家认为，滇金丝猴与长臂猿的情况类似，每百只在1年内的损失，不得超过1个雌性个体和1个幼体，方能保证该种群的发展，因而偷猎者是其生存面临的最大威胁。
1993年建立了以保护滇金丝猴为主的芒康自然保护区。巴美是一座森林孤岛，只有40平方公里，四周全是荒山秃岭。2013年不到50只，这些年的种群数量一直呈负增长。在白马雪山自然保护区内，保护区面积19万公顷。根据滇金丝猴的种群分布及活动范围，需要调整和扩大白马雪山自然保护区的区划面积，并建立新保护区的保护站。随着国家林业局在全国范围内启动天然林保护工程，云南省已先行一步，将500多万公顷森林列入该工程项目之中。德钦县政府也作出决定，自1998年起，全县停止商业性采伐，并将境内全部滇金丝猴的栖息地都划入自然保护区。
