（一）办公室。负责机关日常运转，承担重要报告和综合性文稿起草、会务、机要、保密、信访、档案、政务督办，组织协调信息公开等工作。负责局机关人事、工资工作，指导交通系统人事工作。负责局机关后勤工作。负责交通运输系统普法教育、法制宣传、交通法律法规的贯彻实施。

（二）公路科。拟订全市公路水路相关规划并组织实施。承担公路水路建设项目实施管理。负责公路养护、路政监督工作。负责行业科技创新、协调科技项目管理、推广和创新及标准化管理指导工作。贯彻执行相关政策、制度和标准并监督实施。按规定权限负责监督管理公路水路建设项目的勘察设计编制、施工许可、竣（交）工验收工作。监督指导工程造价、招标投标、从业资质、质量监督相关工作。承担抢险救灾、涉路工程管理工作。承办农村公路、国边防公路相关工作。

（三）运输科。负责全市道路旅客运输、国际道路运输管理。监督指导道路水路旅客运输、货物运输、客货运输场站经营、机动车维修、营运车辆综合性能检测、机动车加强员培训、从业人员管理等工作。指导公共汽车、出租汽车、汽车租赁、网约车等城市客运管理。拟订全市公路水路安全生产管理制度和应急预案并监督实施。指导行业安全生产和应急处置体系建设，指导行业安全生产执法工作。负责满洲里市交通战备办公室日常工作。指导地方水域的海事管理相关工作。指导满洲里市邮政业发展相关事宜。

（四）财务科。贯彻执行国家财经规章制度，负责交通建设资金、专项资金、预决算、信贷工作及利用外资等有关的财务管理; 负责交通行业统计及内部审计工作; 负责编制全市交通系统年度财务收支计划; 负责局机关财务，指导交通系统财会工作。

设机关党组织。负责机关和所属单位党群、纪检等工作。