根据潮州市财政局主要职责，财政局设14个内设机构：
综合协调机关日常工作；负责重要会议的组织、重要报告和文件的起草；负责文秘、机要、信息、调研、宣传、档案、保密、外事、接待、安全保卫、办公自动化及本局机关印章、财务、物资、房产管理等工作。
研究提出执行财政发展战略和财政政策的实施方案；编制中长期财政收支规划；负责市级财政预算的编制、执行、检查及决算工作；分析市级和地方预算执行情况；负责县区财政决算的批复；负责财政资金调度、进行资金清算工作；拟订市对县区财政管理体制，指导、检查县区财政管理；管理和分配市级城建维护资金；负责指标结算、一般增值税退税的审核和报批工作。
拟订全市非税收收入管理制度，承担市级非税收入的收支管理工作；承担政府性基金立项的审核、报批工作，参与行政事业性收费、标准的审核并进行财务监管；管理财政票据；管理罚没财物收入；拟订彩票管理有关制度，监督收益分配，监管彩票市场；承担国有土地、海域、矿产、彩票公益金等专项收入和政府性基金的管理;承担交通、交警专项资金管理；监督各项房改资金的使用，参与监管住房保障和住房公积金；负责市直按规定纳入财政管理的自收自支事业单位的财务管理。
承担行政、政法、教育、科技、文化等方面的部门预算有关工作；拟订行政性经费的财务管理制度和开支标准；承担市安排的现役部队、武装警察部队专项资金等方面经费管理工作；承担教育、科技、文化、出版、广播电视、体育、计生、档案、地震及其他部门事业经费管理工作；承担义务教育经费保障机制改革的具体工作；提出有关公务员收入分配政策和改革方案的建议；承担行政、政法部门因公出国（境）经费审核工作；承担行政、政法部门办公场所修缮、车辆及设备购置等专项经费管理工作；承担出差和会议定点饭店采购及日常管理事务；承担统一着装管理工作。
拟订并监督执行工交、内贸、建筑施工和地方粮油储备、城市公用、城乡环保、股份制企业、外经贸、旅游、外商投资企业执行财务会计制度；拟订市级企业国有资产评估管理规章、制度并监督执行；负责市财政扶持现代产业、企业资金、企业亏损补贴、税收返还、环境保护（治理）资金等专项资金的管理和监督；管理工交等部门事业费和分管部门的行政事业性收费业务；拟订和执行涉外金融机构的财政政策；组织办理外商投资企业财政企业登记和财政年检；负责地方金融机构的财务监管；负责境外企业和有关涉外收入的监缴和财务管理工作；办理外国政府贷款及国际金融组织贷款和转贷业务；承担非贸易外汇管理工作；会同分管部门研究拟订经费开支标准；审核分管部门的预、决算；对分管部门预算的执行、专项资金的使用、财务管理制度的执行情况进行监督。
管理财政用于农、林、水、气象等部门事业经费和支农专项资金；拟订财政支农政策和财务管理办法；参与编制农业综合开发规划；管理和统筹安排财政性农业综合开发资金；组织检查农业综合开发项目的执行情况；负责耕地占用税、契税的征收管理，参与管理和分配财政扶贫资金、支援不发达地区发展资金。
编制市级经济建设支出预算草案，下达经济建设支出预算，办理资金核拨；参与国债投资项目的安排和投资计划的审核，负责国债资金使用的监督管理；参与审核财政性资金投资项目工程概算，审核该类工程预、结算和竣工财务决算；指导和监督国有建设单位执行财务会计制度；负责市级财政性资金基本建设项目和代建项目的财务监管；负责国有施工和房地产开发企业的财务管理；参与投资体制改革有关工作和财政性资金年度投资计划安排；参与工程造价管理。
参与研究社会保障制度改革和拟订相关政策；编制市级和全市社会保障资金预算草案；管理社会救灾救济、劳动就业、医疗保险（包括公费医疗）等方面的财务和资金；管理卫生、民政、劳动和社会保障等部门经费；拟订和执行失业保险和养老保险等社会保障基金的财务管理制度；组织实施对各项社会保障资金使用的财政监督。
承担全市会计管理工作；承担会计人员从业资格核准和会计电算化指导监督工作；指导代理记账工作；承担注册会计师行业的有关监管工作；协同有关部门做好会计专业技术资格考评工作。
承担财政支出绩效管理工作；承担会计决算工作；拟订财政支出绩效评价指标体系及评价标准；拟订财政资金支出绩效评价的有关制度和办法；拟订公共资源统计评价制度，建立公共资源统计报告制度，统一提供和发布公共资源有关信息；组织公共资源管理研究和发展预测分析，建立公共资源数据库，促进建立相关预警机制；负责国有企业、行政事业单位财务会计报表的汇总和分析；组织拟订本级行政事业单位资产配置及资产费用标准，参与有关年度预算计划；承担市级行政事业前段时间国有资产配置、处置和对外投资、出租、出借、担保等事项审批工作；承担本级行政事业单位创办的具有法人资格的企业等国有资产管理工作；承担产权登记、产权界定、产权纠纷调处、资产评估、资产清查、统计报告等工作。
（十一）监督检查科
依法对财政收支进行监督检查；依法对国家机关、社会团体、企业、事业单位和其他组织会计信息质量进行监督检查，依法处理相关违法问题。承担有关规范性文件的合法性审核工作；承担行政复议、行政诉讼代理和行政处罚听证工作；负责有关法规宣传和普法教育工作；会同有关部门拟订对市级财政性资金基本建设重点项目和重点行政事业单位委派财务总监的管理制度和办法；牵头办理对市级财政性资金基本建设重点项目和重点行政事业单位派驻财务总监的工作;承担局机关的信访、监察、纪检、廉政建设工作，承担局机关、直属单位的内审工作。
（十二）人事教育科
负责局机关和指导直属单位的人事管理、机构编制、劳动工资等工作；指导财政系统精神文明建设；草拟和实施财政系统人员培训规划；负责局机关计划生育、因公因私出境报批等工作；承担局机关党委的日常工作；管理指导工、青、妇等工作；负责机关离退休干部工作，指导直属单位的离退休干部工作。
（十三）国库科
负责研究和推行国库集中支付制度，拟订国库管理制度、财政总预算会计核算制度；负责市级财政总预算会计工作；负责财政收支的统计工作；编制市级财政决算和汇总全市决算；对地方总预算会计工作进行指导；统一管理市财政资金账户；统一管理市级预算单位银行账户开立、变更和备案；负责国债兑付及相关管理工作。
十四、政府采购监督管理科
拟订市级政府采购工作规范；审核采购人编制的政府采购预算和政府采购计划；监督政府采购预算执行，审核政府采购资金；建立健全政府采购合同备案制度，监督采购人依法履行采购合同；处理供应商投诉，查处政府采购违法行为；管理评审专家库；培训、考核政府采购人员；考核本级集中采购机构以及社会代理机构；法律、法规规定的其他政府采购监督管理职责。
