据2018年5月煤科院官网显示，煤科院下设6个研究分院、3个分公司、3个控股子公司及多个参股公司，拥有2个国家工程技术研究中心、2个国家和3个行业质检中心、4个国家级实验室、20多个大型实验室。
研究分院：煤化工分院、节能分院、检测分院、矿用油品分院、安全分院、装备分院
分公司：北京分公司、榆林分公司、西南分公司
控股子公司：浙江煤科清洁能源有限公司、内蒙古阿拉善盟科兴炭业有限公司、煤科院节能技术有限公司
参股企业：北京天地华泰采矿工程技术公司、山西煤机装备有限公司、山西天地王坡煤业有限公司、中煤矿山工程公司、上海克硫环保科技股份有限公司、河南龙宇能源股份公司、晋城蓝焰煤业股份公司、山东泰山能源股份公司、甘肃华亭股份有限公司、北京同惠物业管理有限公司、内蒙太西煤集团股份有限公司、北京安创管理股份有限公司
持股上市公司：北京昊华能源股份有限公司、上海大屯能源股份公司、开滦精煤股份有限公司 大同煤业股份有限公司
国家工程技术研究中心：国家煤矿安全技术工程研究中心、国家水煤浆工程技术研究中心（科技部）
国家质检中心：国家安全生产北京煤炭检测检验中心、国家安全生产北京矿山井巷设备与矿用油品检测检验中心、国家安全生产北京矿山支护设备检测检验中心、国家煤矿支护设备质量监督检验中心
行业质检中心：煤炭工业北京矿用油品产品质量监督检验中心、煤炭工业北京凿岩机具产品质量监督检验中心、煤炭工业北京锚杆产品质量监督检验中心
国家级实验室：煤炭资源高效开采与洁净利用国家重点实验室（科技部）、国家能源煤炭高效利用与节能减排技术装备重点实验（能源局）、煤矿采掘机械装备国家工程实验室（发改委）、安全生产技术支撑体系国家级中心实验室（国家安监总局）
北京市工程技术研究中心：北京市煤矿安全工程技术研究中心（北京市科委）
北京市重点实验室：煤基节能环保炭材料北京市重点实验室（北京市科委）
截止到2013年12月底，煤炭科学技术研究院有限公司在职职工总数为1082人，其中具有中级以上专业技术职务的565人。据2018年5月煤科院官网显示，煤科院拥有包括中国工程院院士、国家级有突出贡献专家、享受国务院政府津贴专家和大批博士在内的一流研发团队。
中国工程院院士：康红普 、洪伯潜
据2018年5月煤科院官网显示，煤炭科学技术研究院有限公司资产总额约28亿元；公司的安全检测中心建筑面积2980平方米，其中检测室面积2380平方米、恒温面积1980平方米、户外检验场地面积600平方米；主要仪器设备120台（套），仪器设备设施原值984万元。
