陆上植物的出现，产生了土壤层。土壤是植物与岩石相互作用的产物。土壤的形成使易于淋失的养分在地表上富集起来，从而保证了生物圈的发展和繁荣。土壤和植物是一个反馈系统。随着植物的进化，土壤肥力相应提高，土壤肥力的提高反过来又促进植物的进化。在针叶林下发育的土壤是肥力较低的灰化土，在草本植物下则是肥力很高的黑土。动物界的进化又同植物界进化密切关联。例如随着有花植物的出现,产生授粉昆虫(白垩纪)。随着草本植物的出现,产生有蹄动物（第三纪）。可以设想，如果没有营养丰富的少数几种禾木科、豆科植物，人类的进化也是不可能的。

地球环境在地球历史上经历了许多次巨大的变动。例如因太阳辐射变动引起气候变化，因地壳运动产生火山喷发，造山和造陆运动，以及大陆漂移。这些变化产生的影响是全球性的。特别是大陆漂移，从根本上改变了全球环境格局，使海陆分布、大洋盆地、风系和洋流都发生根本性的改变。生物屏障的建立（大陆分离）或打破（大陆连结），对生物的地理分布和进化都产生深远影响。环境的剧烈变化，使许多生物死亡和灭绝（例如中生代的大型爬行动物），幸存的在新环境下突变为新种。