虽然在天然状态下，部分地区的土壤也呈现酸化，具有与之相适应的生态系统，但酸沉降将使其酸度更高。酸沉降的长期影响必须引起土壤酸碱特性的改变，致使土壤pH值、阳离子交换容量和盐基饱和度的降低，这已经是环境酸化研究者的共识。酸沉降消耗土壤中的阳离子使土壤逐渐酸化，而基岩的风化又不断地向土壤输送阳离子，同时土壤的反硝化、硫酸盐的还原使土壤碱性增强，硝化、阳离子被植被吸收可使土壤变酸。土壤作为酸沉降的直接受体，它的酸碱特点是酸沉降、土壤物理、化学及生物过程的综合作用结果。一般 来说，土壤本身对酸沉降具有较大的缓冲作用。土壤是人类赖以生存的基础，逐渐变酸的土壤可以改变动植物已经适应的生存条件，从而影响农业生产、森林生长等。土壤酸化还可以影响营养元素的地球化学循环，造成有毒有害元素的活化等。同时大部分酸沉降首先降落到土壤上，然后经径流汇入江河和湖泊等水体，所以土壤也是该地区水体是否易于酸化的重要影响因子。
