酸沉降的最终归宿是江河和湖泊等水体。水体酸化是酸沉降长期影响的必然结果，酸化水体的恢复也必然是一个漫长的过程，最早发现的水体酸化现象是20世纪50年代初英国谢尔菲德地区的沼泽地表水体酸化现象。酸化水体已经在加拿大、美国东部和瑞典、挪威和中国西南地区也出现了酸化水体。淡水是人类和动植物生存的必需的、有限的资源。水体酸化增高金属的迁移率。水体中高含量的铅可以损伤鱼鳃，引起鱼的大量死亡。高含量的镉对鱼骨架造成损害，妨害硅藻的生长，镉还可以通过食物链富集而危害食物链上层的有机体。地下水酸化可以造成土壤和输水管道系统的金属溶出。
