珠海市地方税务局（正处级建制）现内设办公室、法规科、税政科、规费管理科、征收管理科、计划财务科、信息管理科、人事教育科、机关党办、监察室（与纪检组合署办公）共10个职能科（室）和机关服务中心1个直属事业单位，下辖稽查局1个副处级直属行政单位和香洲区地方税务局、斗门区地方税务局、金湾区地方税务局、拱北地方税务局、保税区税务分局、高新区税务分局、珠海经济技术开发区地方税务局、征收分局、纳税服务局共9个正科级直属行政单位，并在香洲区、斗门区、金湾区和拱北地方税务局内按照行政区划和经济税源相结合原则，设置13个副科级税务分局，负责一线税收管理工作。代管横琴新区地方税务局。2011年7月1日，成立“珠海市地方税务局耕地占用税和契税征收管理中心”过渡机构，负责耕地占用税和契税的征收管理工作。
