实验室与国内外同行积极开展了内容广泛、形式多样的合作与交流。1996年以来实施开放课题30多项，国际合作6项，与鲁南制药公司、东阿阿胶集团等企业开展横向协作研究约60项。日常运行管理良好。境内外专家来实验室讲学或访问100多人次。出境进修、讲学和合作研究30多人次；参加国际学术会议的有100多人次；实验室还成功举办了多次国内国际学术会议。近年，实验室有20多人次在重要国际学术会议任主席、学术顾问或组织委员；在6本国际知名学术刊物担任编委；在国内外重要学术会议上做大会或专题邀请报告的有20多人次；1996～2001年，实验室紧密结合国家目标，共承担了“863”、“973”、国家自然科学基金、“九五”和“十五”科技攻关等重要国家项目40多项。美国国家工程院和美国国家文理院院士、国际生物化工大师、MIT的Daniel Wang教授评价“华东理工大学生物反应器工程国家重点实验室是中国在生物技术领域的领头羊”。实验室提出的一种新型离心式搅拌桨生物反应器被美国国家工程院院士、知名生物化工专家、Cornell大学的Michael Shuler教授认为是“特别令人感兴趣的”、“这一新型反应器将在剪切敏感体系具有巨大应用潜力”(Curr Opin Biotech 1997,8,154)。