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水体生物污染是由水体接纳医院、畜牧场、屠宰场和生物制品厂等的污水以及城市污水和地表径流而引起的。这些污水含有大量的病原微生物(病愿菌、病毒和霉菌)、寄生虫或卵。病原微生物水污染危害的历史最久，仍威胁着饮用水安全和人类健康 。
