1.病原微生物数量大，来源多，分布广。
2.钩端螺旋体、病意和寄生虫及卵等常与病原菌共存而污染水体。钩端螺旋体来源于带菌宿主一猪和鼠类的尿液，它以水为媒介，经破损的皮肤或黏膜进入人体，引起出血性钩端螺旋体病。
3.寄生虫通过卵或幼虫直接或经中间宿主侵入人体，使人患寄生虫病。其卵和幼虫可以在水中长期生存。
4.传播疾病的昆虫，如蚊、蚋、舌蝇等，其生活史中某一阶段需在水中度过，它们传播多种疾病，对人类健康危害很大。
5.此外，某些藻类在水中营养元素(如氮、磷等)过剩时，会大量繁殖，改变水体感官特征，使水体带霉烂气味，严重时可危及鱼类等生存。
6.大坝、水库等水利工程的兴建，使原来流动的水体成为静水水体。消落区和较浅的掩没区可能成为传播疾病的昆虫幼虫和某些寄生虫中间宿主适宜生存繁殖的场所。
