根据上述职责,市交通运输局设5个内设机构:

(一)办公室。

协调处理机关日常政务、事务;负责工作目标的制定落实及重要会议的组织和公文处理、重要文件的起草和审核以及新闻宣传、政务信息、外事、机要、保密、保卫、档案、文印、信访等工作。负责交通运输系统的安全宣传、指导和监督工作;负责公共机构节能工作。

(二)人事科。

负责机关及直属单位的人事、工资福利和机构编制管理工作;负责直属单位领导班子的年度考核和科级干部的考核任免、后备干部管理、专业技术干部职称评聘及管理工作;负责职工教育、交通运输行业培训和离退休人员管理工作。

(三)规划统计科(市国防动员委员会交通战备办公室)。

组织编制综合运输体系规划,承担有关协调工作;组织拟订公路、水路等行业发展战略和规划,参与拟订物流业发展战略和规划;研究拟订全市公路、水路行业战备规划和国防交通保障计划,并组织监督相关工作的落实;承担有关规划和建设项目的相关工作;提出省和市有关资金安排建议;承担有关环境保护、利用外资、统计信息工作。

(四)建设科技科。

拟订公路、水路及其设施建设的工程管理办法;负责工程设计审批、主持工程验收;维护交通建设行业平等竞争秩序和交通基础设施建设项目的实施和管理;拟订交通运输行业科技发展规划及有关计划,推进科研体制改革;负责交通科技和科研、成果鉴定和推广、技术标准和计量,以及科技项目的实施工作;负责开展国际国内交通技术合作与交流。

(五)法规科(行政审批办公室)。

负责指导协调、监督检查全市交通运输系统行政执法工作;负责涉及全市交通运输工作的规范性文件的起草、督办及审核把关工作;负责行政复议工作。

根据国家和省有关公路、水路交通运输行业工作的方针、政策和法律、法规,负责交通运输管理方面有关行政审批事项的受理和审批工作;负责组织协调行政审批事项的勘查、论证、审查、审核和上报等相关工作;负责有关行政许可证的发放工作;负责行政审批专用章的使用管理;负责行政审批事项的行政复议和行政应诉;负责法律、法规、规章规定由交通运输部门承担的其他行政审批事项。

党委办公室。负责机关和直属单位的党群、纪检监察工作。