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红马蹄草与肾叶天胡荽（Hydrocotyle wilfordii Maxim.）、柄花天胡荽（Hydrocotyle podantha Molk.）在营养期药用时鉴别难度较大，三者均有叶背红色的现象，叶型之间有过度；在花或果期容易鉴别，主要以花序、果序为其区别特征。从紫外分析结果比较，红马蹄草与其它两者所含复合成分区别较大，应区别使用。
