根腐病：由多种类线虫及半知菌类的镰刀菌引起，植株地下部根腐烂，地上部植株微黄萎蔫，后期植株变黄倒伏，严重的根部全部稀腐。病害在高湿条件下易发生。防治方法：种植地注意排水，移栽时每公顷施草木灰750 千克。
锈病：由担子菌类锈菌引起，主要为害叶片，叶正面病斑色淡，背面有淡黄色疱状隆起生成，疱状斑点表皮破裂并向外翻，散出黄粉为病菌夏孢子。锈病以冬孢子在病残体上越冬，夏季以夏孢子侵入并再侵染，高温高湿易导致发病，借风雨、流水进行传播。防治方法：①及时清除病残体集中消毁；②发病初可用25%三唑酮（粉锈灵）可湿性粉剂500倍、40%福美胂可湿性粉剂600倍、20%萎锈灵乳油600倍、50%退菌特（三福美）500倍、25%敌力脱（丙环唑）乳油2000倍、75%百菌清可湿性粉剂500倍、10%世高（恶醚唑）水分散颗粒剂、30%特富灵可湿性粉剂1500倍、45%特克多（噻菌灵）悬浮剂1000倍、50%硫磺悬浮剂200倍喷雾；③育苗时种子消毒：用种子重量5‰的25%三唑酮、50%多菌灵、70%甲基托布津可湿性粉剂或种子重量1%的20%萎锈灵乳油拌种。
病毒病：为害叶片，被害叶片呈花叶状或卷曲皱缩。防治方法：选择无病株留种，也可对种子播前进行处理钝化病毒；防治介体，拔除病枝、清除田间杂草等以减少田间侵染来源。使用腐熟有机肥及药剂防止强调配合杀细菌剂使用。
羽叶三七虫害主要是蚜虫，其若虫吸食羽叶三七茎叶汁液。嫩茎的生长点、叶、花轴、果柄等幼嫩部位易受侵害。虫害一般不对羽叶三七的产量构成大的危害，主要采取农业措施防治法和物理机械防治法，必要时应按农药使用准则施用1-2次杀虫剂。
地下害虫有金龟子、蝼蛄、地老虎、金针虫等，主要在羽叶三七出苗时为害，咬断植株或吃光叶片。各地应根据不同害虫种类的生活习性进行趋性诱杀，比如，金龟子有趋黑光性，用黑光灯诱杀；蝼蛄有趋光性、趋粪及对香甜物的喜好性，可用黑光灯、带毒鲜马粪及炒香的麦麸毒饵进行诱杀；地老虎喜好酸甜味并有趋黑光性，用黑光灯、性诱剂、糖醋酒液毒饵诱杀成虫，用于毒饵的药剂有80%敌百虫可溶性粉剂、50%辛硫磷乳油。每公顷可用3%辛硫磷颗粒剂150千克混细土撒施于羽叶三七植株旁。
