根据上述职责，自贡市自流井区交通运输局设3个内设机构：

（一）自贡市自流井区交通运输局办公室（自流井区交通战备办公室）

负责机关文电、会务、信息、机要、档案、安全、保密、信访、接待和后勤保障、政务协调、政务公开、督查督办、绩效管理等工作；负责全区交通战备工作；牵头办理人大代表建议、政协提案工作；负责起草或审核局的重要报告和综合性文件，负责有关重要会议的组织工作；负责交通史志和年鉴的组稿、编发工作；负责局属单位社会治安综合治理和维护交通运输行业稳定工作；指导交通运输行业精神文明建设和新闻宣传工作；归口管理交通外事工作；负责局机关及直属单位机构编制、人事管理、离退休人员管理等工作；承担局机关和直属单位党的组织、思想、作风和制度建设工作；负责局机关的财务管理；指导和监督交通行业会计核算、财务管理及内部审计工作。

（二）自贡市自流井区交通运输局综合业务股

组织编制综合运输体系规划、统计、信息工作，研究制定全区公路、水路发展战略；组织拟定公路、水路运输和农村公共客运等行业发展中长期规划；承担我区交通建设项目审查工作；承担公路、水路运输业、城市公共客运经济运行分析工作；承担交通运输科技项目立项、申报、科技信息交流、科技成果推广工作；监督实施交通运输行业工程建设可行性研究及立项审查；承担全区交通重点项目设计文件审查并检查项目实施；维护全区公路建设市场秩序，负责全区交通建设市场准入管理；监督管理交通建设招投标工作组；监督管理公路、水路建设工程项目的招标投标、工程进度、工程质量、工程造价；指导公路、水路基础设施的维护和管理。

（三）自贡市自流井区交通运输局政策法规股（行政审批服务股）

负责交通主管部门承担的行政许可、审批和服务事项；组织开展交通运输行业政策研究，指导监督管理交通运输行业行政执法工作；指导公路、水路、城市公共客运行业安全生产和应急管理工作，协助处理重大交通事故，督促隐患整改；指导、协调行业稳定工作；制定公路、水路运输相关政策、运营规范并监督实施；指导公路、水路运输市场监督管理和站场、车辆维修、汽车租赁、驾驶员培训等行业管理；负责公路、水路运输衔接和统筹协调工作；承担交通运输行业减轻企业负担工作；指导农村公共客运服务质量的监督管理和出租车行业管理工作；指导交通运输行业节能减排工作。