(一)办公室

负责机关日常运转工作。负责起草重要报告、综合性文件。负责综合协调、督办、文秘、政务信息、对外宣传、调研、目标管理、机要、保密、信访、档案、机关后勤事务管理、保卫工作。负责会议和全局性活动的组织工作和接待工作。负责招商、行业文明创建，牵头行业扶贫工作。

(二)政策法规科(行政审批科)

负责有关规范性文件的合法性审核工作。组织指导行业普法。承担有关行政复议、行政诉讼工作。负责行政审批事项的受理，组织协调行政审批事项的勘察、论证、审核、上报等相关工作。负责行政审批工作的组织、协调、办理和督办。负责人大建议、政协提案办理工作。负责行业体制改革研究及推进工作，指导交通综合行政执法改革相关工作。指导政务服务和政务服务大厅的日常工作。

(三)综合计划科

负责编制公路、水路交通发展战略及规划，组织编制公路、港航、站场物流等专项规划，负责有关规划的管理工作，承担涉及综合运输体系的规划协调工作。拟订全市公路、水路、站场物流等交通固定资产投资规模、建设项目，编制年度计划。指导交通建设有关项目的前期工作。承担交通建设重点工程后评价工作。负责交通行业统计工作。指导全市公路、水路行业环境保护。承担国防动员和交通战备计划和管理工作。承担协调服务民用航空、铁路、邮政等工作。承担全市综合交通运输体系建设领导小组办公室日常工作。

(四)建设管理科

负责拟订全市交通工程建设、工程技术及公路水路建设、养护市场管理相关政策、制度、标准并监督实施。按管理权限指导交通重点工程建设项目的工作设计文件审查、竣工验收等工作。按管理权限负责交通工程建设和养护的招投标监督管理，组织开展市场督查工作。负责全市交通运输建设市场、工程造价及相关从业单位和从业人员管理。牵头交通运输诚信体系建设。

(五)公路管理科

负责拟订全市普通公路养护、管理相关政策、制度、标准并监督实施。参与拟定全市普通公路专项规划、年度投资规模、建设项目。负责组织、协调全市普通公路建设养护项目实施、管理、技术审查指导。组织指导全市普通公路路政、安全应急管理和治超工作，承担市公路治超办公室的职责。指导普通公路行业安全生产，负责专业公路渡口安全管理。负责普通公路网的运行监测和应急处置协调工作，组织灾毁抢修保通，监督公路灾害防治及恢复工程的实施。负责普通公路收费业务管理。组织、指导农村公路的建设、养护、管理、运营，负责“四好农村路”建设有关工作。配合做好普通公路运输管理。

(六)港航管理科

负责拟订全市水路运输、养护、管理相关政策、制度、标准并监督实施。参与拟定全市水路专项规划、年度投资规模、建设项目。负责长江干线以外市境内通航河流航道管理。负责组织、协调全市水路建设养护项目的实施、管理、技术审查指导。指导港口岸线使用工作。负责全市水路客货运输市场的监管及信用管理工作。负责港口、航道设施、通航建筑物、引航管理工作。负责船舶检验、船舶代理、理货、港口设施保安、船舶交易等管理工作。负责渔船检验和监督管理工作。指导水运行业安全生产，组织实施水运应急处置工作。负责船员船舶、水上交通安全、船舶防污染等海事管理工作。

(七)客货运输科

负责拟订道路客运(货运)、交通物流方面的政策、制度并监督实施。参与拟订全市道路运输、物流业专项规划和年度投资规模、建设项目。负责组织、协调运输物流站场建设项目的实施。负责道路客货运输行业管理，指导县市公交、出租车的行业管理工作。指导全市道路运输行业安全生产监督管理。负责综合运输服务协调与衔接及多式联运等工作。承担全市公路、水路国际合作与外事工作，开展与港澳台地区的交流与合作。

(八)运输保障科

负责拟订道路运输市场监管方面的政策、制度并监督实施。负责机动车维修、驾驶员培训等行业管理。负责道路运输市场监管及信用管理工作。负责道路运输信息化建设管理。指导公交、出租车的运营及安全工作。指导行业节能减排工作。组织协调春运、重点物资、防汛抗旱、抢险、救灾等紧急客货运输。

(九)安全监督科

负责拟订全市公路、水路安全生产政策、制度、标准和应急预案并监督实施。指导交通运输安全生产和应急处置体系建设。组织协调公路、水路工程建设和营运管理的安全监督管理工作。负责督促指导道路、水路运输、港口及营运车辆、船舶的安全监督管理工作。依法组织或参与重大突发事件的协调处置和有关事故的调查处理工作。负责市交通运输局安全生产委员会和市综合交通安全生产专业委员会日常工作。承担国家安全、反恐、社会治安综合治理、“扫黑除恶”等专项工作的协调。负责应急值班工作。

(十)质量监督科

负责拟订全市公路、水路工程建设质量管理、质量监督、安全监督、工程监理和试验检测等方面实施细则、办法和制度，并监督实施。按项目管理权限负责全市公路、水运工程建设质量监督、工程监理和试验检测管理工作，并对地方交通工程质量安全监督工作进行指导。参与全市交通基本建设工程项目的设计审查，负责监督建设单位、监理单位、施工单位质量保证体系及其人员的工作。组织公路、水运工程质量与安全监督检查。参与工程质量和施工安全事故的调查、处理，仲裁工程质量争端，监督工程质量和施工安全事故处理方案的执行情况。

(十一)科技信息科

拟订全市公路、水路科技与信息发展有关政策、制度、标准并监督实施。负责全市公路、水路信息化、数字化、智能化项目建设规划及立项审批工作。指导全市交通运输信息化建设。负责局机关和局属单位网络信息安全工作，指导行业网络信息安全工作。组织协调有关科技项目研究。负责局机关信息指挥中心、交通网站、微信平台建设，网上受理群众投诉举报、信息咨询和求助。完善预警处理机制，指导建立路网、水网监测系统，指导营运车辆GPS监控管理。

(十二)重点项目科(市交通重点工程领导小组办公室)

参与拟订高速公路建设规划、年度投资规模、建设项目。负责高速公路和长江大桥建设项目的前期工作，组织项目前期工作的评估审核。负责交通重点项目招商引资和经营性高速公路投资人招标工作。负责组织、协调和督办全市高速公路项目建设，联系县市区交通重点工程建设协调指挥部。

(十三)财务审计科

负责拟订交通财务、资产管理、内部审计、收费公路政策、制度、标准并监督实施。指导收费公路票据管理和收费公路权益转让的审核、审批工作。负责政府投资交通重点项目资金筹措和监督管理。承担部门预算、资产管理、政府采购、绩效评价、投资融资、银行信贷、政府债务等有关管理工作。负责局机关财务及资产管理工作。承担局所属单位财务、资产监管和内部审计工作。指导全市交通运输系统财务管理和内部审计工作。

(十四)人事科

负责局党组会议的会务筹备及协调工作。承担局机关和所属单位的机构编制、干部人事、工资福利、技术职称、教育培训、实绩考核、年度考核等管理工作和人才引进工作。负责全市公路、水路劳动工资统计工作;指导全市公路、水路行业职业教育、岗位培训和人才队伍建设。承担局主管社会团体相关管理工作。负责局机关及所属单位领导干部因公(私)出国(境)的政审工作。负责工会工作。

机关党委。负责机关和所属单位党群工作。

离退休干部科。负责离退休干部工作。