内设4个职能股室，即办公室、安监股、计财股、工程股。其直属的事业单位有7个，即区运输管理所（加挂地方海事处）、区县乡公路路政维护管理所、区交通建设发展中心、区交通公路工程建设中心、区公路工程设计室、区交通综合行政执法大队、区港口开发公司；挂靠机构1个，即区交通战备办公室，同时承担区国防动员委员会交通战备的日常工作；代管区地产开发公司；下辖涵江区运输公司一家运输企业。

1、办公室

综合协调局机关和直属单位工作，检查、指导、督促有关交通的方针、政策、决议指示和重大事项的落实。承担局机关文电、机要、档案、保密、信访、政府信息(政务)公开、新闻宣传、档案(资料)、计生和内部规章制度建设等工作：组织和指导交通行业的调查研究工作。承担本部门重要文件、综合性文稿的起草工作。负责局有关重要会议的组织工作。承担政府采购、局机关的接待、资产、车管及安全保卫等行政后勤管理工作。组织办理人大政协议案提案。起草公路、水路交通行业信息化发展政策并组织实施。负责公路、水路交通行业信息和知识产权管理工作。负责机关及协调指导全区交通运输视频会议系统，负责上级及局领导有关批示和指示的督办、查办工作。

2、安全监督股

职能：贯彻道路、水路运输的行业政策、规章、技术标准和运价政策；行使交通运输行业管理职能；负责全区交通行业的交通安全管理和“创安”工作；组织、协调重大安全行动；参于交通运输企业发生重大恶性事故的调查、处理；负责内河安全监督管理和直属企业安全生产管理工作；做好防止船舶污染水域和危险品运输管理工作；负责对在公路上乱设卡、乱收费、乱罚款的“三乱”行为进行调查、报告和处理。指导全区交通行业综合治理工作。

3、计划财务股

职能：研究交通行业发展战略，贯彻交通行业产业政策；负责编制全区交通行业运输生产、公路、港口、内河航道、交通工业、交通战备、港站等建设的中长期发展规划和年度计划；指导项目业主开展基本建设项目工程的前期工作，对项目的立项与可行性研究报告的批准提出行业审查意见，负责交通工程竣工验收评估工作；负责港航设施建设使用岸线的布局规划及审查。负责交通行业外资引进和设备进口及合资项目的审核、上报工作。

负责交通行业财务会计管理工作；组织编制财务计划和事业预算，定期考核、检查、分析各项财务指标；综合编审财务会计决算。负责局机关和直属单位国有资产管理工作；负责交通基础设施专项建设资金的筹集工作，拟订资金使用计划，负责交通基本建设资金监督、管理；组织管理交通行业统计，发布统计数据资料。

贯彻交通行业科技政策，负责编制交通科技项目发展计划，并组织实施；指导交通行业的技术改造和车船更新工作。负责交通行业引进技术的消化吸收，负责科技成果申报和推广应用。归口管理和指导交通行业电子计算机应用与开发推广工作。负责管理交通行业标准、计量、质量和技术监督工作。

负责直属单位的财务审计工作。对直属单位的国有资产管理和保值的监督、财务收支及经济效益和对交通专项资金使用及管理进行审计；负责对全区交通行业基本建设项目资金审计。

4、工程股

职能：贯彻执行交通基础设施建设的行业政策、规章和技术标准，负责监督公路、水运基础设施建设管理；组织建设项目的测设验收、初步设计和开工报告的行业审查以及竣工验收；组织实施基本建设年度计划，协调交通建设工程中的有关事宜；负责审核交通基本建设项目中的重大技术问题；负责公路、水路交通战备工程的组织实施；负责交通行业监理单位的资质审查以及交通建设区场勘察设计、咨询监理、施工单位资质登记的报批；管理设计、监理、施工的招投标工作，维护交通基本建设区场的平等竞争秩序。开展交通扶贫工作；负责公路、港口、内河航道及其设施的维护和管理；负责防汛公路隐患点排查整治;管理交通建设工程质量监督和施工监理及工程造价工作；组织实施公路、水运工程质量检验、评定、管理和监理办法。