该纲一般可分为3亚纲：泥炭藓亚纲（Sphagnidae）、黑藓亚纲（Andreaeidae）和真藓亚纲（Bryidae）。绝大多数藓类属真藓亚纲。1980年，M·R·克罗斯比认为藓类可划分为6个亚纲，即真藓亚纲中的四齿藓目（Tetraphidales）、烟杆藓目（Buxbaumiales）和金发藓目（Polytrichinales）可分别提升为四齿藓亚纲（Tetraphidae）、烟杆藓亚纲（Buxbaumiidae）和金发藓亚纲（Polytrichidae）。

泥炭藓亚纲（Sphagnidae）仅有一目一科，泥炭藓目（Sphagnales），泥炭藓科（Sphagnaceae），泥炭藓属（Sphagnum），约 300余种，多分布于北半球温带地区。中国的主要分布于东北、西北和西南高寒沼泽地区，常见的有泥炭藓。

黑藓亚纲（Asdreaeidae）仅有一目一科，黑藓目（Andreaeales），黑藓科（Andreaeaceae），两个属，中国仅有黑藓属（Andreaea），疣黑藓分布于陕西、安徽和福建。

真藓亚纲（Bryidae）最大，有12—19目，真藓目（Bryales）是苔藓植物中科、属、种最多的一个目，遍布全世界。中国常见的有葫芦藓。