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由于特殊自然条件下，地质发生变化，而将紫檀埋藏在地下数千年或更长的时间，使其所含的油质转化为蜡质（或部份转化为蜡质）。其原理就像地下的石油。因区域的不同，石油中所含的蜡性比例也有所不同。但是土壤中所含的各种元素也是形成蜡檀的必要条件，如产煤炭、树玉、乌木等区域的地质就不具备蜡檀的形成条件。
紫檀被埋藏地下多年的过程中，虽然其主体是木质，但有的已有石性化的倾向。
