根据上述职责，市审计局设8个职能处室。

（一）办公室

处理局机关日常行政事务；负责局机关文电处理、文书收发、文印、保密、会务、后勤保障、公务接待、安全保卫、政务公开、档案管理、信访工作；起草有关报告、文件；负责编制审计工作规划，安排年度审计计划；负责行政公文审核工作；负责市级和指导全市审计信息宣传、新闻发布工作；综合协调有关事务；负责局机关和下属单位的机构编制、组织人事、年度考核、劳动工资、职称评聘、离退休人员服务管理、财务资产管理工作；牵头做好局机关和下属单位的部门预算、预算调整和部门决算的编报工作，负责日常账务处理、预算执行、经营结报、支出管理、节支节能等工作；负责绩效评价、政府采购、固定资产管理、厉行节约等工作。

（二）法规处（挂审理处牌子）

负责制定有关审计业务管理制度；负责对全市审计机关审计业务的质量检查和年度考核；负责组织对社会审计机构出具的相关审计报告进行核查；负责全市优秀审计项目的评比；负责市本级审计项目的审理工作；办理审计行政复议和应诉，组织实施审计普法教育；负责市审计学会秘书处日常工作。

（三）财政审计处

负责审计市级预算执行和其他财政财务收支情况，审计市地方税务局税收征管情况；审计县（市、区）人民政府和市级开发区代管街道办事处的预算执行情况和决算；负责市财政局及其下属单位的财政财务收支审计；负责向市政府和省审计厅提出年度市级预算执行和其他财政收支情况审计总体方案及其审计结果报告的起草工作；负责受市政府委托向市人大常委会提出市级预算执行和其他财政收支情况的审计工作报告起草工作；负责财政审计协调小组的日常工作；牵头协调全部政府性资金审计的研究和成果整合；负责确定年度审计工作方案以及对审计结果进行综合分析；负责相关审计结果跟踪落实工作；组织、指导全市财政审计业务工作；负责相关审计或专项审计调查。

（四）经贸社保审计处

负责市政府发展和改革、经济和信息化、住房和城乡建设、交通运输、国有资产监督管理、安全生产监督管理、人力资源和社会保障、民政、卫生、残联、老龄委、红十字会、慈善总会等部门及其下属单位的财政财务收支审计；审计市重点国有企业和市级国有资本占控股或主导地位企业的资产、负债、损益和国有资本经营预算；负责国有企业审计的日常工作；负责市政府金融管理部门的财政财务收支审计；负责市政府规定的市属国有和国有资本占控股或主导地位的金融机构的资产、负债、损益的审计；负责审计由市政府主管部门管理和受市政府委托由社会团体管理的养老、医疗、工伤、生育、失业等社会保障基金的财务收支以及各项社会福利、救灾救济、优抚安置和社会捐赠资金的管理使用情况；负责相关审计结果跟踪落实工作；组织、指导全市经贸和社会保障审计业务工作；负责相关审计或专项审计调查。

（五）外资金融审计处

负责国际组织和外国政府贷款、援助和赠款项目的财务收支审计；根据省审计厅授权对农村合作金融机构和其他金融企业进行审计；负责相关审计结果跟踪落实工作；组织、指导全市外资、金融审计业务工作；负责相关审计或专项审计调查。

（六）行政事业审计处

负责与市级财政有拨款关系的市人大机关、市政协机关、市中级人民法院、市检察院和政党组织、社会团体的财政财务收支审计；负责市政府有关部门、直属机构和单位及其下属单位的财政财务收支审计；负责市政府文化广电新闻出版、教育等管理部门和相关市属事业单位、高等院校、群众团体、文化企业的财政财务收支审计；对市级机关行政单位的预算执行情况进行审计；负责相关审计结果跟踪落实工作；组织指导全市行政事业审计业务工作；负责相关审计或专项审计调查。

（七）环境资源与农业审计处

负责市政府环境保护、国土资源、农业、林业、水利、旅游和质量技术监督等部门及其下属单位财政财务收支审计；负责审计由市政府主管部门管理和受市政府委托由社会团体管理的国土资源、水利、农业、林业、环境保护、新农村建设等资金的筹集、管理、使用情况；负责相关审计结果跟踪落实工作；组织指导全市环境资源与农业审计业务工作；负责相关审计或专项审计调查。

（八）投资审计处

负责实施所有政府性投资项目的预算执行和决算审计（含重点项目的跟踪审计）；负责组织社会中介机构审计市级投资和以市级投资为主的建设项目的工程造价结算；负责对市重点工程的跟踪审计；负责相关审计结果跟踪落实工作；实施对政府投资项目概算或预算执行情况、建设项目的标的编制、设计及工程量变更、工程结算（工程造价）、竣工决算、投资绩效等环节的全过程审计监督；对组织社会中介机构审计的项目质量实施管理和监督；负责相关审计结果跟踪落实工作；组织指导全市投资审计业务工作；负责相关审计或专项审计调查。