市水利局内设7个职能科（室）。

（一）办公室

协助局领导组织机关日常工作及综合协调各科室工作；负责局党组会议、局长办公会议和局务会议决定事项的组织实施和督办；负责机关文秘、档案、保密、机要、信访、信息宣传、政务公开、综合治理、计划生育、妇女工作和机关后勤事务管理，负责机关内部规章制度建设；负责局劳动人事工作；负责离退休老干部的管理服务工作；承办人大代表建议、政协委员提案工作。

（二）计划财务科

组织编制全市水利发展战略、中长期发展规划；组织编制全市水资源综合规划、重要江河湖泊的流域综合规划；拟订全市和跨县（市、区）水中长期供求规划，归口管理水利专业和专项规划的编制和审批工作；负责市管河道建设项目水工程建设规划同意书制度的实施和监督管理，跨县（市、区）行政区域的边界河道修建水工程以及河道整治工程的审批；指导水工程建设项目合规性审查工作；负责提出中央和省、市级水利财政性资金安排意见，提出中央和省、市级水利建设投资安排建议；编制市级水利部门预决算，指导下属全额拨款事业单位预算决算的编制工作；负责局机关及下属单位财政资金的收支管理；承担机关并指导局属单位的财务、会计工作管理；承担局机关及下属全额拨款事业单位国有资产监督管理工作；提出水利价格、行政事业性收费、信贷政策的建议；承担市本级行政事业性收费管理工作；承办水利统计工作。

（三）水政水资源科（行政审批服务科）

组织起草地方性涉水规范性文件；拟订全市水利法制建设规划；指导水利行政许可工作并监督检查；负责市水利局授权的行政审批事项和非行政许可事项的具体审批办理和服务工作；承办市水行政部门行政应诉、行政复议和普法教育工作；负责全市河道采砂的管理和监督检查工作；组织实施取水许可、水资源有偿使用、水资源论证等制度；组织水资源调查、评价和监测工作；拟订全市水量分配方案、水功能区划并监督实施，指导水资源调度工作；组织编制水资源保护规划，负责饮用水水源保护；组织编制城市供水的水源规划，指导城市防洪、污水处理回用等非传统水资源开发的工作；负责入河排污口监督管理；指导全市水政监察和水行政执法工作。

（四）安全监督科

承担全市水利行业安全生产工作；指导水库、水电站大坝的安全监督管理，组织实施水利工程质量和安全监督管理；承担重大涉水违法事件的查处，协调跨区域、跨流域间水事纠纷。

（五）科技教育与对外合作科

负责拟订全市水利行业人才发展规划，指导水利行业职工队伍建设；负责局机关、下属单位干部职工教育培训和局属单位专业技术人员的培训与管理；负责全市水利科技项目和科技成果应用的管理工作；归口管理全市水利行业技术质量标准、规程规范的监督实施工作；负责水利行业的对外经济、技术合作与交流。

（六）水利建设与管理科

指导全市水利工程设施、江河湖库水域及其岸线的管理和保护；指导重要江河的综合治理与开发；组织实施河道管理范围内工程建设方案审查制度；指导全市水利建设市场的监督管理；负责全市农村小水电的管理和监督；负责河道、涉河建设项目审查和水利工程管理体制改革工作。

（七）农村水利科（市农田水利基本建设指挥部办公室）

组织协调全市农田水利基本建设；负责全市农村饮水安全、节水灌溉、排水及雨洪资源利用等工程建设与管理工作；指导全市农村水利社会化服务体系建设。

机关党委。负责局机关和局属单位的党建及群团工作。

纪检组（监察室）。为市纪委（市监察局）的派驻机构。