通海县审计局内设机构4个，即：办公室、行政事业审计股、固定资产投资审计股、领导干部任期经济责任审计股，下属事业2个,即固定资产投资审计中心、经济责任审计中心。各股室、中心的具体职责如下：

（一）办公室

负责有关行政文秘、会务、档案、财务、综合统计、保密、信息、接待、信访、政务公开等机关行政事务的管理工作；负责局机关及所属事业单位的机构编制、人事管理、教育培训和专业技术资格考评等工作；负责机关退休人员的服务管理工作；负责审计工作计划、规划编制和年度审计项目安排工作；承担有关地方性审计规范性文件的起草、修改和报批工作；审理有关审计业务事项；承担机关行政复议和行政应诉工作；负责审计统计、审计信息和审计信息化建设基础工作；组织实施审计普法教育；起草一般性工作文件及年度工作总结报告，进行执法检查。

（二）行政事业审计股

负责对县、乡（镇）两级接受财政拨款的单位的预算资金财政财务收支的合规、合法、真实性，以及所属机关、企事业单位的财务收支审计。对县级各部门管理的预算外资金、专项资金、各种基金的收支及其使用效益进行审计监督，组织对部分资金审计调查；负责对县级地方预算执行和其他财政收支，乡（镇）财政决算的直接审计和审计调查；负责上级授权对县级国有金融机构的资产、负债、损益进行审计监督；负责对县属国家企业及上级授权的中央、省属企业的资产、负债、损益进行审计监督。对上级安排的工交商粮等部门进行专项资金审计和专题审计调查。

（三）领导干部任期经济责任审计股

负责对县直机关、事业单位及其乡镇领导干部和县属国有企业及国有控股企业法定代表人的任期经济责任进行审计监督；开展专项审计和审计调查；负责处理县领导干部任期经济责任审计领导小组办公室的日常事务；处理联席会议有关事宜；对全县的经济责任审计工作进行规划并组织实施；负责经责审计中心的业务指导工作。

（四）固定资产投资审计股

负责对全县范围内及上级授权的政府投资建设项目预算（概算）执行情况、决算进行审计；负责对全县重点政府投资建设项目实施开工前审计、预算（概算）执行情况审计、工程造价审计、竣工决算进行审计；对重点政府投资建设项目关键环节实行跟踪审计，对重点政府投资建设项目的财务收支进行审计；负责组织对政府统一借贷资金以及其他国有资金为主体投入的建设项目的审计监督；负责组织协调社会中介机构参与政府投资项目的审计工作，并对审计质量进行监督检查；负责投资审计中心的业务指导工作。

（五）投资审计中心

对政府投资项目前期工作进行审计，审计内容包括：勘查审计，概（预）算、资金来源、工程量清单、工程招标前的拦标价及其相关的建设程序执行情况、建设项目法人制，资本金制的建立情况；审计机关对建设项目的概算、工程量清单、工程招标前的拦标价的审计结果作为政府投资建设项目招标的依据；审计机关对项目建设建设过程审计的内容包括：审计变更的真实性、必要性、合理性，报批程序的完整性、合法性；各类合同、协议（补充合同、补充协议）签订、变更、调整和执行的真实性和合法性；招投标制、合同制和监理制等建设管理制度执行情况。

（六）经济责任审计中心

负责对县直机关、事业单位及其乡镇领导干部和县属国有企业法定代表人的经济责任进行审计监督；对全县的经济责任审计工作进行规划并组织实施；负责处理县领导干部任期经济责任审计领导小组办公室的日常事务；处理联席会议有关事项；开展专项审计和审计调查。