中国和日本很早就开始人工种植银杏（Ginkgo biloba）。1690年，荷兰东印度公司的Englebert Kaempfer博士首次描述了在日本栽培的银杏，并建立了银杏属（Ginkgo）。1771年，林奈正式描述了银杏，并以biloba作为种加词，以表示银杏叶片二裂的特点。十九世纪后半叶，由于银杏的种子与榧属（Torreya）和粗榧属（Cephalotaxus）的种子相似，银杏被放入松柏类的紫杉科（Taxaceae）。1896年，日本东京大学的植物学家平瀬作五郎发现了银杏具有多鞭毛的游动精子，而与松柏类的无鞭毛精子明显不同，显示出银杏在进化上的特殊的地位。此后，银杏长期被归于裸子植物。但随着大量化石的发现和分子生物学的发展，人们发现裸子植物并不是一个单系群，一般把各类裸子植物都被提升到门的分类阶元。由此，银杏类植物也被提升为银杏门。
