根据上述职责，镇安县水务局设4个内设机构：

（一）镇安县水务局办公室

负责局机关政务工作；制定机关工作制度；负责重要会议的组织和会议决定事项的督办；负责局机关财务管理和资产管理工作；监督下属单位政府采购和国有资产的管理；负责机关后勤管理服务工作;负责局机关及下属单位的机构编制、人事管理、干部调资、个人年度考核、劳动工资、福利待遇管理、劳动合同管理、养老保险、医疗保险、工伤保险、生育保险、劳动保护、安全生产和职称评定上报管理等工作；指导水务系统职工教育培训工作;编制全县水利科学技术发展规划；负责水利科学研究、技术推广、科研成果的管理工作；拟定全县水利行业技术质量标准、规程、规范并监督实施；

（二）镇安县水务局水政安全股

承担部门法制工作和依法行政工作；组织拟定水务、水保、防洪、水资源、河道、渔业法制建设规划和规范性文件；组织实施取水许可制度和水资源费征收管理工作；指导水保执法监督；指导渔政执法监督；

负责农村节约用水工作；组织水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制，监测江河、湖泊、水库水质，审核水域纳污能力，提出排污限量的意见；负责河道砂石管理工作；负责中小河流防御洪水方案审核；指导全县计划用水和城乡供水的水源规划和水行政统一许可审批管理工作；指导水库、水电站大坝的安全监管；指导水利行业安全生产工作；负责水务信访稳控工作；负责水务综合经营工作。

（三）镇安县水务局项目计划股

负责组织拟定全县水务、防洪和渔业中长期发展规划；对中小型水电站的选址、库区规划提出意见；组织管理水利建设项目后期评估工作；负责全县重点水利、渔业基建（含外资）项目年度投资计划和专项资金年度计划；负责全县工程造价管理，指导监督全县水利工程招标投标、建设监理、质量监督工作；拟订全县水土保持生态建设总体发展规划、中长期规划、流域规划，重点项目规划和年度计划，并组织实施；编制全县中小型灌区规划。

（四）镇安县水务局建设管理股

指导全县安全饮水、农田水利基本建设、防洪、小流域综合治理、水土保持、渔业、农村小水电工程的建设与管理工作；组织对河流和水利工程的防洪安全管理；负责河道水库及行洪区、蓄洪区、滞洪区等水域岸线和水利工程的管理和保护；负责县域内主要河流的水能资源开发利用和保护；组织江河、河口（沟）、滩涂的治理；指导水域的综合治理和开发利用工程建设；拟定农村水利发展政策及有关规范标准。指导全县农村水利社会化服务体系建设；负责水利工程管理；指导农田水利工程管理体制改革；负责水务综合改革工作。