办公室

负责综合协调机关日常工作；负责机关政务运行和管理制度的起草并组织实施；负责以部门名义下发文件的审核、制发工作；负责重要会议的组织和会务工作；负责秘书事务、文书档案、公共关系、保密、保卫工作；负责办公自动化工作；负责机关公共事务和行政后勤管理工作。

规划财务处

组织编制全市环境功能区划、环境保护规划；组织起草环境保护专项规划；负责督导环境保护规划项目落实；组织实施政府环保目标责任制；负责环保专项资金的组织申报；承担机关、派出机构、直属事业单位财务、国有资产管理和内部审计工作。

法规处（信访办公室）

起草环境保护地方性法规和市政府规章草案，拟订全市环境保护有关政策；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；对派出机构和直属事业单位行政执法工作进行指导监督；统一管理环境保护行政处罚工作；承担机关行政复议和行政应诉工作。承担环境保护法律、法规和规章的咨询、解释工作；组织人大议案、政协提案的办复工作；组织调查处理群众信访；承担市长公开电话、12369环保投诉举报热线受理工作。

科技标准处（国际合作处）

承担环境保护科技工作；参与拟订全市环境保护科技发展规划与计划；管理环境保护科研项目和成果；组织环境保护技术、研发、集成示范与推广；承担地方环境标准、环境基准和技术规范的拟订工作；参与指导和推动循环经济、环保产业发展。负责全市环境保护国际合作与交流的管理工作；研究提出国际环境合作中有关问题的建议；承担有关环境保护国际条约的履约工作；参与处理涉外的环境保护事务；负责环境保护国际合作项目的管理与协调；承担外事工作。

污染物排放总量控制处（环境监测处）

拟订全市主要污染物排放总量控制制度并组织实施；提出总量控制计划建议；对新建、扩建项目污染物排放总量进行调控管理；组织考核总量减排情况；承担全市环境统计和污染源普查工作；承担长春市突发环境事件应急响应的组织协调工作。负责组织制定地方环境监测制度和规范；组织开展和指导环境监测工作；调查评估全市环境质量状况并进行预测预警；承担全市环境监测网和环境信息网的有关工作。

环境影响评价管理处

承担规划环境影响评价、政策环境影响评价、项目环境影响评价工作；组织和指导建设项目环境保护竣工验收；负责实施、监督和指导建设项目环境影响评价和“三同时”管理制度；对超过污染物总量控制指标、生态破坏严重或者尚未完成生态恢复任务的地区，承担暂停审批除污染减排和生态恢复项目外所有建设项目的环境影响评价文件工作；监督管理环境影响评价机构资质和相关职业资格。

污染防治处（核与辐射安全管理处）

负责起草大气、土壤、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品、机动车的污染防治地方性法规和市政府规章草案；拟订并监督落实排污申报登记、排污许可证、污染源限期治理等环境管理制度；组织拟订和监督实施有关污染防治规划；组织开展大气污染物排放总量减排工作。指导、监督、管理核安全、辐射安全、放射性废物和有关开发利用、技术应用、材料管制和民用核安全设备无损检验活动中的污染防治工作，负责相关法规、规章草案的起草和有关政策的拟订；承担核事故、辐射环境事故应急工作。承担环境民生工作的组织协调、督导落实的职责。

水环境管理处

负责起草水体污染防治地方性法规和政府规章草案；组织开展重点流域、区域、行业的水污染防治工作；指导、协调和监督全市饮用水源环境保护工作；承担全市地表水污染防治改善达标工作；组织开展水污染物排放总量减排工作；贯彻实施水污染物排放许可制度的职责；组织落实市内跨界河流断面水质考核等环境管理制度；负责市饮马河污染防治领导小组办公室日常工作。

自然生态保护处

指导、协调、监督全市生态保护工作；组织编制生态保护规划；提出新建的各类自然保护区申报建议，对自然保护区的保护工作进行监督；组织开展生物多样性保护、生物遗传资源、农村生态环境保护工作；开展全市生态状况评估；指导生态示范创建和生态农业建设；参与全市生物安全管理工作；调查处理重大生态破坏事件。

行政审批办公室

依据国家和省市有关法律法规及规章等相关规定和要求，负责本部门行政许可及其他行政审批事项的受理、审批和办复工作；负责牵头组织行政许可及行政审批事项的勘查、论证、检验、检测、认证、审核、上报等(含年审、年检、收费)相关工作；负责行政审批决定送达和行政许可证件的发放管理工作；负责有关行政审批事项行政应诉工作；负责制定和完善本部门行政许可和行政审批项目的工作制度、工作程序以及行政审批专用章的使用和管理等工作。

党委办公室（人事教育处）

负责全市环保系统的政治思想工作和精神文明建设、党建工作；负责所属单位领导班子建设和领导干部管理工作；承担县（市）环保部门班子成员管理有关工作；指导本系统老干部管理工作，指导系统工会、共青团、妇联工作；负责局机关、直属单位、派出机构的人事、工资、机构编制、奖惩、培训、专业技术职务评聘等管理工作；负责机关离退休干部管理工作；负责局机关和直属单位目标管理工作；研究拟订并组织实施全市环境保护宣传教育纲要；组织开展生态文明建设和环境友好型社会建设的宣传教育工作。

纪律检查委员会（监察室）和机关党委按党章和有关规定设置。