长江水保所作为长江流域水资源、水环境、水生态保护的专业机构，在从事流域性水利水电工程及其它各类环境影响评价工作中，积累了翔实的基础资料和丰富的工作经验，具备了较强的专业技术能力，具有从事其业务范围内各种类型、各种技术难度的环境影响评价工作的雄厚实力。
长江水保所是全国首批获得国家环保局颁发的“环境影响评价资格证书（甲级）” 的十四家单位之一，同时也是2003年公布的第一批规划环境影响评价推荐单位之一。同时，具有“生产建设项目水土保持方案编制水平评价证书（四星）”、“建设项目水资源论证资质证书（甲级）”、“水利工程施工监理（乙级）资格证书”、“水利工程建设环境保护监理资格证书”、“生产建设项目水土保持监测单位水平评价证书”和“ISO9001质量认证体系证书”。
