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非同源重组又包括位点专一重组和非常规重组。
位点专一重组只需要很少的顺序同源性，它发生在两种DNA的专一位点上，如λ噬菌体整合到寄主大肠杆菌的染色体DNA上，就是发生在入- DNA及宿主DNA的特定位点上。
非常规重组不是发生在固定位点上，而是发生在任意位点上，两个DNA分子间可能只有几个碱基对的同源性，通常把由于转位因子引起的缺失、倒位等现象归于此类。
