该科花两性，整齐，下位，合瓣，接近于龙胆科(Gentianaceae)、夹竹桃科 (Apocynaceae)和萝藦科(Asclepiadaceae)。花粉粒略相似于夹竹桃科、茜草科(Rubiaceae)、玄参科(Scrophulariaceae)。因此，A.恩格勒等人将该科放在捩花目（Contortae）。但 G.瓦格尼茨则把它置于龙胆目（Gentianales）中，而把该科的醉鱼草属放在醉鱼草科（Buddlejaceae）归入管花目(Tubiflorae)。J.哈钦森认为该科形态与木犀科最相近，因此另立一个马钱目(Loganiales)。有许多学者主张马钱科分成6个科。

该科包括马钱亚科（Loganioideae）、醉鱼草亚科（Buddlejoideae），有灰莉族 （Potaliaeae）、马钱族（Strychneae）、钩吻族（Galsemieae）、髯管花族(Loganieae)、度量草族（Spigelieae）、Antonieae族、醉鱼草族(Buddlejeae)7族。

马钱科　Loganiaceae

1. 马钱亚科　Loganioideae

1. 灰莉族　Potalieae Mart.

1. 灰莉属　Fagraea Thunb.

2. 马钱族　Strychneae DC.

2. 马钱属　Strychnos Linn.

3. 蓬莱葛属　Gardneria Wall.

3. 钩吻族　Gelsemieae G. Don

4. 钩吻属(断肠草属/胡蔓藤属)　Gelsemium Juss.

4. 髯管花族　Loganieae

5. 髯管花属　Geniostoma J. R. et G. Forst.

5. 度量草族　Spigelieae Dum.

6. 尖帽草属(姬苗属)　Mitrasacme Labill.

7. 度量草属　Mitreola Linn.

2. 醉鱼草亚科　Buddlejoideae Soler.

8. 醉鱼草属　Buddleja Linn.2100433B