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黄芩主要分布在山东、陕西、山西、甘肃四大产区,其中集中在山西绛县南凡镇、运城市夏县瑶峰镇、新绛县万安镇、万荣县、闻喜县薛店镇等地;陕西商洛、渭南临渭区桥南镇、商州市商州区孝义镇、洛南县景村镇、丹凤县棣花镇、商洛市夜村镇、丹凤县商镇等地;山东沂蒙山区、莒县库山乡、莱芜市茶叶口镇、富官庄乡等地;甘肃主产陇西、渭源、漳县,次产岷县、宕昌、河西等地。
黄芩主要分布中国内蒙中东部和东北三省大部,河北承德,内蒙古赤峰等几个最具规模的主产区,是中国北方野生中药材的主要产地之一。