FSC森林认证正是由环境非政府组织和民间组织在认识到一些国家在改善森林经营中出现政策失误，国际政府间组织解决森林问题效果有限，以及林产品贸易不能证明其产品源自何种森林以后，作为促进森林可持续经营的一种市场机制，在20世纪90年代初发起并逐渐发展起来的。它力图通过对森林经营活动进行独立的评估，将"绿色消费者"与寻求提高森林经营水平和扩大市场份额，以求获得更高收益的生产商联系在一起。促进森林可持续经营的传统方法（如发展援助、软贷款、技术援助和海外培训等）大多忽视了商业部门，特别是忽视了木材产品的国际贸易。在世界范围内，仅20%的林产品进入国际市场，但贸易对森林的直接影响是很明显的。人们认识到，以森林可持续经营为基础的林产品贸易也能促进环境保护。FSC森林认证的独特之处在于它以市场为基础，并依靠贸易和国际市场来运作。

1992年以前，非政府组织就有认证设想，但在联合国环境与发展大会上没有取得进展。环发大会以后，他们开始大力推行这种新的体系。为了监督认证的独立性和公开性，1993年非政府保护组织成立了森林管理委员会（FSC）。1994年FSC通过了原则和标准，开始授权认证机构根据此原则和标准进行FSC森林认证。一些国家和地区也开始了自己的认证进程。从此，FSC森林认证在世界范围内逐渐开展起来。