根据上述职责，设7个内设机构。

综合处

承担司内文电、会务、机要、保密、安全、印章、档案、财务预算、固定资产管理、政务信息与公开、工作计划与总结等综合性事务和综合协调工作；组织企业上市和上市企业再融资的环境保护核查、清洁生产强制审核工作；参与拟订国家限制和淘汰的生产能力、工艺和产品名录及有关国家产业政策；承担城市环境综合整治工作。

饮用水水源地环境保护处

（简称饮用水处）

拟订水环境管理及饮用水水源地环境保护的政策、规划、法律、法规、规章、标准、规范及水环境功能区划并监督实施；组织拟订饮用水、地下水、太湖、巢湖、滇池水污染防治规划并监督实施；承担饮用水水源地环境保护与湖泊污染防治工作；组织开展全国水环境形势综合分析；承担水污染防治其他综合性工作。

大气与噪声污染防治处

（简称大气处）

拟订大气、噪声、光、恶臭、机动车污染防治的政策、规划、法律、法规、规章、标准、规范，并监督实施；拟订城市大气、噪声环境功能区划工作；承担大气、光、恶臭、噪声、机动车污染防治和相关环境功能区划等工作；组织开展全国大气环境形势综合分析。

重点流域水污染防治处

（简称流域处）

组织拟订淮河、海河、辽河、松花江、长江（含三峡库区及其上游）、黄河中上游、珠江、南水北调工程沿线和跨国界河流的水污染防治规划，并监督实施；建立跨省（国）界河流水质考核评估制度，并组织实施；审查重点城市的水污染防治规划，并指导实施；指导全国河流水污染防治工作。

海洋污染防治处

（简称海洋处）

指导、协调和监督海洋环境保护工作；拟订国家海洋环境保护的政策、规划、法律、法规、规章、标准和规范；拟订国家重点海域污染防治规划并监督实施；编制近岸海域环境功能区划；监督海岸工程和滨海重污染行业海洋污染防治；组织开展全国海洋环境形势综合分析。

固体废物管理处

（简称固体处）

拟订固体废物、危险废物、进口废物管理及城区土地污染防治的政策、规划、法律、法规、规章、标准、规范、目录并监督实施；组织拟订危险废物管理制度并监督实施；组织开展危险废物申报登记；承担固体废物进口许可、出口核准、信息公开工作，监督电子废物、污泥等再生资源回收利用污染防治。

化学品环境管理处

（简称化学品处）

拟订化学品环境管理的规划、政策、法律、法规、规章、标准、规范、目录并监督实施；组织化学品环境风险评价追踪；筛选和公布重点控制的化学品目录；承担化学品进出口、新化学物质登记；组织日遗化武处理全过程环境监督管理。