从环保部现有的职能划分看，污染防治司、污染物排放总量控制司的职能有重叠之处。例如污染防治司有饮用水水源地环境保护处、重点流域水污染防治处、海洋污染防治处、大气与噪声污染防治处，而总量司又有水污染物总量控制处和大气污染物总量控制处。同时，土壤防治自然生态保护司又兼有土壤防治的职能。
按照环境要素管理也是国际环保部门的趋势和地方实践的经验，例如美国国家环保局就设立有空气和辐射办公室(Office of Air and Radiation)、水办公室(Office of Water)，随着各地治霾力度加大，不少地方环保局都在污防科的基础上单独成立“大气办”。
