工程审计学院前身可以追溯到1988年南京审计学院财金系基本建设投资审计教研室，历经国际审计学院、工程管理学院、信息工程学院（工程管理与审计学院挂靠）等名称变化。1988年，学校为适应国家审计机关对同时兼备工程和财务知识的人才急需，将当年招收的6个审计专科班中的工业审计班转为基本建设审计班。1993年，学校开设审计学本科专业（基建审计方向）。2002年，开设工程管理本科专业（工程审计方向）。2011年，学校成为全国首批审计硕士专业学位授权单位。同年，该专业开始招收公共工程审计方向的研究生。2021年，取得工程管理硕士（MEM）招生资格，并计划于2022年招收工程管理硕士（MEM）研究生。
