向检验检疫机构办理报检业务分自理报检和代理报检，同时两种报检业务对报检员的知识要求也不一样。因此从2005年下半年开始，两种报检员资格考试开始分离，分别为自理报检员资格考试和代理报检资格考试。
不管是自理报检员还是代理报检员，都要通过国家质检总局组织的全国统一考试，考试合格者都是由国家质检总局颁发全国通用的资格证书。两者在外贸行业中岗位定位都属于报检员。
（一）证书的名称不同：考试合格者，由国家质检总局分别颁发自理报检员资格证书和代理报检员资格证书。
（二）需求人数不同：截至2005年底，在宁波出入境检验检疫局备案的外向型企业已达8398家，如要真正实施凭证报检，那么一家企业至少需要一名报检员，那么自理报检员的需求人数将达到至少8398人。即使05年下半年的自理报检考试合格900人全部上岗，自理报检员的需求量还是比较大的。而代理报检企业只有46家，按规定每家需要10名报检员计算，总计也只需要460人。需求量差距明显。
（三）就业范围不同：取得自理报检员资格证书的学员可在下列自理报检单位从事报检工作：有进出口经营权的国内企业，出口货物的生产企业，中外合资、中外合作、外商独资企业，进口货物的收货人或其代理人，进出境动植物产品的生产、加工、储存、运输单位，有进出境交换业务的科研单位，其他需报检的单位等等。而代理报检
员可从事的工作范围相对要狭窄一些，一般就业于报关行、贷代公司和大型的外贸公司。此外，国家对从事代理报检企业的资格做出很多的规定，这也直接导致代理报检企业必然始终是占报检行业的少数。
（四）准入门槛和政策支持力度不同：2005年12月1日正式实施的中华人民共和国进出口商品检验法实施条件规定，办理报检业务的人员应当依法办理报检从业注册，并实行凭证报检。未依法办理报检从业注册的人员，不得从事报检业务。但，为满足自理报检单位报检业务需要，国家质检总局2005年第94号公告规定，自理报检单位报检人员所持原有报检员证使用期限延长至2006年6月30日。为了保证政策的严肃性和权威性，也为了让企业尽快找到合适的人才，在“保障需求，控制总量”的前提下，国家对自理报检员的准入门槛有所降低，而代理报检员相对于自理报检员来说，个人的知识层次要求更高，业务知识范围要求更广，考试难度也将会进一步加大。
