选择树龄在10年生以上的优良母树进行采种，待每年11-12月果实充分成熟以后采收。应筛选出长度、厚度、饱满度大的种子，以确保发芽率。采收后以纯种子塑料袋抽空密封的方式置于冰箱10℃保存。播种前一天，每50-80克的交趾黄檀种子用纱布包住，用40℃的温水充分浸泡一夜，第二天把纱布摊开，待种子自然晾干后再去播种。
采用苗床育苗，苗床上密集撤播。育苗前苗圃地要求平整，后做苗床。床面高于步道15厘米。从步道起土覆于床面，床缘呈45°斜坡。苗床做好后，在床面上筛盖一层10厘米左右混合土（红壤土与沙比例6:4）并压实，一般床面宽80-100厘米，床高25厘米左右，苗床土壤选择疏松透气，保水和排水性能良好，具有一定肥力，无地下病、虫害和病菌的表层土。播种前灌足底水，苗床用150倍高锰酸钾消毒后，再将种子均匀地撒播到苗床上，覆盖 1-3厘米细沙（以微见种子为宜，如果覆土过厚，种子发芽不易，苗木木质化慢容易引起苗木猝倒病），浇水，再用600倍井岗霉素杀菌。然后用2米长的竹片搭建拱棚，盖上塑料薄膜，塑料薄膜周围用土或沙压实。即可保温又可保湿，苗床不易长草，种子易发芽。
播种后要定时观察苗床内温度、湿度，苗床内温度一般控制在25℃左右，如果温度过高可喷水在遮阳网上即可降温；保持苗床湿润；雨天要及时排除苗圃地的积水。播种后5天苗床用600倍井岗霉素再次杀菌，种子正常在7天后就开始发芽。种子发芽期间，苗床上如出现根腐病植株需及时去除，以免交叉感染，这阶段每隔7天左右可喷1000倍瑞毒霉液或4000倍爱苗液等进行杀菌，几种杀菌剂交替使用，避免病菌产生耐药性，随苗木长大加大药液浓度预防植株感染病菌。
待幼苗长出2-3片真叶以后，就可移入容器进行下一步培育。
容器选择：选用厚度0.03-0.04厘米的农用塑料容器袋，袋高8-15厘米，口径6-12厘米（根据需要选择规格），袋下部打有圆孔8-12个。
地块选择：选择离育苗地近、土壤疏松透气、保水和排水性能良好、无地下害虫和病菌的地块。选完地块后，要清除地上异物、整平并进行土壤消毒、杀虫，做畦宽100厘米，高10-15厘米，畦长视地势而定。
营养土配制：交趾黄檀育苗对土壤质地要求不严，但土壤过于粘重时，幼苗易发生根腐病。苗木适生于疏松、较肥沃，pH值在5.5-6的砂质壤土。配制方法：过筛砂壤土与1%的过磷酸钙搅拌后装袋，放在畦上，营养袋要靠紧，袋高与畦面平。装袋前，将地膜铺设在畦上，再装袋放在畦上，苗木长成后起到断根的作用。采用轻基质（采用泥炭、椰糠、珍珠岩、枯枝落叶等）育苗效果最佳，平均地径达0.38厘米，苗高达39.95厘米。
移植方法：幼苗移植前，要进行5-6天的炼苗，并进行适当的补肥、杀菌处理。具体作法：第一天早上掀开遮阴网，中午盖上，下午再掀开；下午喷狮马绿1000倍液叶面肥，喷3000倍爱苗液杀菌，后面几天早上掀开遮阴网，中午盖上，下午再掀开、浇水。交趾黄檀小苗移植前，容器袋里营养土要浇透水，应选无病虫害，有顶芽的小苗。一般苗木随起随栽。当然，特殊情况应特殊对待，阳光强烈时，要在凌晨、傍晚或夜间进行。起苗时幼苗尽量做到不伤根，然后用竹棒在容器中央引孔，将幼苗放入孔内压实，栽植深度以刚好埋过幼苗在种床时的埋痕为宜，栽后要淋透定根水，再喷500倍瑞毒霉液喷雾杀菌。消毒1小时后，在畦上用2米长的竹片搭建拱棚，盖上塑料薄膜，塑料薄膜周围用土或沙压实。即可保温又可保湿，提高成活率。移植苗以3-4片真叶时移苗效果最好，成活率达96%，地径达0.26厘米，苗高达23.1厘米。
