根据《国务院办公厅关于印发国家环境保护总局职能配置内设机构和人员编制规定的通知》（国办发〔1998〕80号），国家环境保护总局的主要职责是：

（一）拟定国家环境保护的方针、政策和法规，制定行政规章；受国务院委托对重大经济和技术政策、发展规划以及重大经济开发计划进行环境影响评价；拟定国家环境保护规划；组织拟定和监督实施国家确定的重点区域、重点流域污染防治规划和生态保护规划；组织编制环境功能区划。

（二）拟定并组织实施大气、水体、土壤、噪声、固体废物、有毒化学品以及机动车等的污染防治法规和规章；指导、协调和监督海洋环境保护工作。

（三）监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作；监督检查各种类型自然保护区以及风景名胜区、森林公园环境保护工作；监督检查生物多样性保护、野生动植物保护、湿地环境保护、荒漠化防治工作；向国务院提出新建的各类国家级自然保护区审批建议；监督管理国家级自然保护区。

（四）指导和协调解决各地方、各部门以及跨地区、跨流域的重大环境问题；调查处理重大环境污染事故和生态破坏事件；协调省际环境污染纠纷；组织和协调国家重点流域水污染防治工作；负责环境监理和环境保护行政稽查；组织开展全国环境保护执法检查活动。

（五）制定国家环境质量标准和污染物排放标准并按国家规定的程序发布；负责地方环境保护标准备案工作；审核城市总体规划中的环境保护内容；组织编报国家环境质量报告书；发布国家环境状况公报；定期发布重点城市和流域环境质量状况；参与编制国家可持续发展纲要。

（六）制定和组织实施各项环境管理制度；按国家规定审定开发建设活动环境影响报告书；指导城乡环境综合整治；负责农村生态环境保护；指导全国生态示范区建设和生态农业建设。

（七）组织环境保护科技发展、重大科学研究和技术示范工程；管理全国环境管理体系和环境标志认证；建立和组织实施环境保护资质认可制度；指导和推动环境保护产业发展。

（八）负责环境监测、统计、信息工作；制定环境监测制度和规范；组织建设和管理国家环境监测网和全国环境信息网；组织对全国环境质量监测和污染源监督性监测；组织、指导和协调环境保护宣传教育和新闻出版工作；推动公众和非政府组织参与环境保护。

（九）拟定国家关于全球环境问题基本原则；管理环境保护国际合作交流；参与协调重要环境保护国际活动；参加环境保护国际条约谈判；管理和组织协调环境保护国际条约国内履约活动，统一对外联系；管理环境保护系统对外经济合作；协调与履约有关的利用外资项目；受国务院委托处理涉外环境保护事务；负责与环境保护国际组织联系工作。

（十）负责核安全、辐射环境、放射性废物管理工作，拟定有关方针、政策、法规和标准；参与核事故、辐射环境事故应急工作；对核设施安全和电磁辐射、核技术应用、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治工作实行统一监督管理；对核材料的管制和核承压设备实施安全监督。

（十一）负责总局机构编制和人事管理；组织开展全国环境保护系统行政管理体制改革。

（十二）承办国务院交办的其他事项 。