根据上述职责，合山市交通运输局设2个内设机构。

(一)办公室(行政审批办公室)

负责文电、会务、机要、档案、文印等机关日常运转工作;承担综合性报告、工作总结、文件起草;撰写交通政务信息、年鉴、史志;负责上级及本局重要决策、指示的承办、督促检查工作;负责政务公开、保密、信访、计划生育和机关后勤行政管理工作;负责本系统单位内部治安保卫工作;负责局机关的对内对外宣传工作、政治理论学习和思想政治工作等。牵头负责本局行政审批工作。

指导交通行业法制工作，负责行业法制建设的规划、组织、协调工作;负责交通法制宣传教育工作;负责交通行政执法监督;承办本局的行政复议、行政诉讼、国家赔偿案件;负责承办与交通行政有关的地方性法规、规章、规范性文件草案的起草、修改和审核工作;指导、协调和监督检查道路、水路运输行业管理业务，维护行业的平等竞争秩序;负责道路、水路国际运输业务管理和协调工作;负责组织协调重点物资和抢险救灾物资的运输工作;协调安全生产管理工作。

(二)综合股

负责拟定全市交通行业财务会计、固定资产和专项资金管理制度并组织实施;负责公路、水路行业有关投融资政策拟订承办工作;负责交通运输行业基础设施建设资金筹集管理工作;负责专项资金、政府采购、外汇、信贷有关工作;负责本部门预算的组织编报、执行和管理工作;承担机关和局属单位财务及国有资产管理、内部审计工作;编报交通运输资金综合使用计划工作;归口管理行业国际经济技术合作交流工作和指导协调公路、水路运输行业利用外资工作，开展对外合作与交流。负责外部审计的协调配合及审计的应用工作。