1．有些单位的主管财务人员对基建的业务核算比较陌生，虽然“国有建设单位会计制度”及相关的规定的文件已转发到各基层部门。并组织了相关的培训学习，但由于基建业务对于大部分单位而言不是经常性发生，因而没有引起财务人员的重视，单位一旦发生基建业务，财务人员对会计核算工作便无从着手，更谈不上对基建业务的财务管理。
2．个别单位基础建设账没有依照有关规定按每个建设项目单独开户、单独建账、单独核算
有些单位是几个项目建设混在一个账目里核算，等到工程竣工时，无法确定其中某一个项目的真实成本数额、资金来源数额与来往数额，会计核算及其混乱，无法提供给单位领导者真实的数据，给工作带来了极大的不便。
3．是基建工作与财务的衔接不紧密，财务人员对工程的情况知之甚少，直接影响了基建会计核算的质量有一些工程已开工并支付了首期工程款，财务人员对该项目的工程批复、设计批复、施工合同等还未曾谋面，工程的财务监督形同虚设；按基建会计制度规定，对各项支出的归类核算是以项目核算内容为依据，而财务人员对项目核算内容一无所知，所作的核算也只能凭经验进行，等到竣工决算做“工程概预算执行情况表”时，才发现平常的核算分类与概算的项目划分完全不能配比，严重影响了报表的准确上报。
4．按照制度和办法的规定，未实行独立核算的经营性建设项目在企业账内通过“在建工程”或是“基建工程支出” “更改工程支出” “大修理工程支出”和“工程物资”一级会计科目进行核算，同时也规定企业应设置“在建工程其他支出备查簿”，专门登记基建项目发生的、构成项目概算内容但不通过“在建工程”等科目核算的其他支出。
如：不需要安装设备、现成房屋、无形资产以及发生的递延费用等。这也就是说，企业的会计账簿或是会计报表不能反映出工程建设的全貌，要了解项目的整体情况、要编制竣工决算，必须将“在建工程”等一级科目和“备查簿”进行整理和汇总。这对于核算内容庞杂的大中型基建项目或是引进国外生产线，不需安装设备但价值量较大的技改项目来说尤其不便。
5．制度和办法都规定应在“在建工程”或“基建工程支出”等一级科目下直接设置“建筑工程” “安装工程” “在安装设备”等二级明细科目来核算建设工程的实际成本。
这种科目级次的设置方式并不适合多个在建项目的核算。 “建筑工程” “安装工程” “在安装设备”等科目余额很可能同时是几个建设项目发生数的汇总，既不能反映一个建设项目的总支出情况，也不便于完工后建设成本的结转，二级明细科目核算出的数据不具备运用的现实意义。
6．是结算手续不齐全单位的基建工程进度款支付仅凭项目负责人的签字就支付；支付工程款里收款单位与合同签订单位不一致时，也未有相关的证明予以证实，而采取直接支付，以致在工程中出现往来账纠纷。
7．是项目成本核算不完整大多数项目在筹建期时，资金来源尚未落实，但从自筹资金又发生了前期可行性研究费用、勘察设计、管理费等费用。项目正式开工成立账户时，该类项目资金支出未列入项目的投资支出中，结果造成概算中已安排的勘察设计等支出在单位的会计决算资料中却没有。
单位基本建设项目开工手续不齐全
有的单位基本建设项目不合法、不合规。部分建设单位对国家仍然控制着固定资产投资计划的认识不够或是没有认识，有的只知道“领导指示就是计划” “领导指示就要开支” ，搞一个基建项目以单位领导说了算，按领导意志办事。没有按照要求认真进行基本建设前期准备工作，没有执行必要的基本建设程序，致使造成“边设计、边勘探、边施工”的三边工程。
施工程序、施工队伍不合规范
有的施工队伍无合格的资质证书也承担项目；没有工程项目开工证，施工队伍进场开工；工程层层转包现象严重，有的签合同的施工单位并不承担施工，而将项目承包给项目经理，单位只收取管理费；施工队伍包工头自行进行工程结算、收款，而不是由施工单位进行统一管理，统一收支，统一核算。
不按规定办理工程竣工结算
不能定时与施工队伍核对往来账目，客观上为施工单位掩盖。单位工程项目已全部完工且已交付使用，施工队伍迟迟不按规定办理竣工结算，影响基建会计正确反映。基础建设单位会计人员对基建管理方面知识、制度了解太少，无法进行认真的监督，也只能对发生的混乱现象听之任之。
