市水务局设3个内设机构：

（一）办公室

协助局领导对有关工作进行综合协调和督促检查，负责局机关政务运行和各项管理制度的起草并组织实施，负责重要会议的组织和会务工作，负责秘书事务、文件制发、文书档案、公共关系、建议和提案办复、信访、保密、保卫工作，负责办公自动化工作，负责机关公共事务和行政后勤管理工作；负责本系统的政治思想工作和精神文明建设，负责党建及党员的管理、理论学习和培训工作；负责退休老干部工作，负责局机关及所属单位的人事、工资、机构编制、奖惩、培训、专业技术职务评聘等管理工作。

（二）水务科

贯彻执行党和国家有关水利工作的方针政策和法律法规，指导编制水利综合规划、水利专业规划、水利技术推广应用和水利经济发展规划，并监督实施；负责全市水利工程投资计划，提出水利建设年度计划和资金安排意见，指导重点水利工程的管理及全市水利工程管理养护及维修；负责水利水电建设项目的审查、报批和技术指导，涉水工程建设项目的行政审批；负责水利工程建设的招标、投标，负责水利工程的定额与造价管理、概预决算的审定及工程竣工验收工作；指导重点水利工程建设、人畜饮水工程建设、小型水利工程建设、老灌区改造工程建设、节水灌溉工程建设工作，管理全市水利建设市场；指导水利安全生产工作，组织开展水利行业安全生产大检查和专项督查。

（三）水政水资源科

指导并监督水行政执法和水政监察工作，拟定全市水规制度，协调处理水事纠纷工作；负责全市水资源的统一配置、规划、管理和保护工作；负责全市地下水行政管理和城市规划区地下水资源的管理、保护，组织实施水资源费征收制度和取水许可制度，负责取水许可审批；指导全市计划用水、节约用水和城乡供水的水资源规划工作，制定全市年度取水、供水、节约用水计划并组织实施；指导和监督全市供水水源地保护工作，组织水资源开发利用技术论证和水利建设项目环境影响评价工作；指导河道采砂管理以及河道管理范围内建设项目管理有关工作，组织实施河道管理范围内工程建设方案审查。