HLA复合体是人体最复杂的基因系统，呈高度的多态性，主要原因之一是由于HLA复合体的复等位基因所致。
遗传学上将某一个体同源染色体上对应位置的一对基因称为等位基因（alleles）；当群体中位于同一位点的等位基因多于两种时，称为复等位基因（muotiplealleles）。HLA复合体Ⅰ类和Ⅱ类基因位点多为复等位基因。1995年公布的用血清学、MLR和PLT确认的HLA特异性见表。
表HLAⅠ类和Ⅰ类基因特异性总表（1995）
ABCDRDQDPD
A1B7B5102Cw1DR1DQ2DPw1Dw1
A2B703B5103Cw2DR103DQ4DPw2Dw2
A203B8B52(5)Cw3DR2DQ5(1)DPw3Dw3
A210B13B53Cw4DR3DQ6(1)DPw4Dw4
A3B15B54(22)Cw5DR4DQ793)DPw5Dw5
A11B18B55(22)Cw6DR7DQ8(3)DPw6Dw6
A23(9)B27B56(22)Cw7DR8DQ9(3)Dw7
A24(9)B35B57(17)Cw8DR9Dw8
A2403B37B58(17)Cw9(w3)DR10Dw9
A25(10)B38(16)B59DR11(5)Dw10
A26(10)B39(16)B60(40)DR12(5)Dw11(w7)
A29(19)B3901B61(40)DR13(6)Dw12
A30(19)B3902B62(15)DR14(6)Dw13
A31(19)B40B63(15)DR1403Dw14
A32(19)B4005B64(14)DR1404Dw15
A33(19)B41B65(14)DR15(2)Dw16
A34(10)B42B67DR16(2)Dw17(w7)
A36B44(12)B70DR17(3)Dw18(w6)
A43B45(12)B71(70)DR18(3)Dw19(w6)
A66(10)B46B72(70)DR51Dw20
A68(28)B47B73DR52Dw21
A69(28)B48B75(15)DR53Dw22
A74(19)B49(21)B76(15)Dw23
B50(21)B77(15)Dw24
B51(5)B7801Dw25
Dw26
HLA抗原的命名由世界卫生组织命名委员会确定，每个特异性抗原均以其基因位点的字头附以适当的数字（按抗原被发现或官方认可的顺序）表示。标有w（workshop）的为暂用名，得到认可后将其去掉；1991年决定：新特异性的申报要有明确的DNA顺序，并根据DNA间关系命名，故取消w；现在所保留的w已非当初实验室暂定名的含义，例如保留Cw以示与补体缩写区别，保留Dw和DPw以示其用细胞学方法检测。后面带括弧的表示该特异性由括弧内的特异性分解而来，括弧内为早期确认的抗原，包含多个特异性。表中D抗原不是独立基因位点的编码产物，而是与DR和DQ广泛相关，是用细胞学方法检测的抗原。
表所列特异性是用血清学方法和细胞学方法鉴定出来的，几乎每次会议都命名新的特异性。如此复杂的基因及产物，再加上单倍体共显性遗传的特点，可随机组合成一个巨大的数字；以致在人群中除同卵双胎外，难以找到HLA完全相同者。这充分体现了HLA对免疫调控的个体差异，也为同种器官移植增加了困难。
现在用分子生物学方法可在基因水平上鉴定出更大的HLA多态性，例如HLA-A2的基因有12个变异体（A*0201～A*0212），其差别仅在第19密码子一个碱基的置换。1994年3月WHO命名委员会公布的Ⅰ类和Ⅱ类等位基因为440个，1995年1月又发现了35个新的基因序列，并对以前的报告进行了部分修正。
