（一）办公室。负责协调机关政务和日常运行工作。负责机关办文、办会及机要、保密、信息、修志、信访、政务公开、督查督办、行政后勤、档案、目标管理等工作。承担人大政协建议提案办理的综合协调工作。
（二）组织人事处。负责所属单位领导班子和局管干部的管理。负责机关和所属单位的组织人事、机构编制、考核培训、出国（境）管理等工作。负责离退休人员服务管理工作。牵头交通运输行业人才建设。承担交通运输系统统战有关工作。承办局党组的有关工作，承担交通运输系统党建工作。
（三）政策研究室。组织开展全市交通运输发展战略、重大政策研究，统筹交通运输课题研究，收集交通行业发展相关信息和前沿动态。负责交通运输行业重大调研，组织起草重要文稿和综合性报告。承担综合交通改革有关工作，指导区县（市）交通运输改革。
（四）法规处（挂执法督察处牌子）。在立法权限内组织拟订交通运输行业的地方性法规、规章草案。承担规范性文件、重大行政决策、重大行政执法决定、行政机关合同的合法性审核、备案工作。承办行政复议和行政应诉工作。组织对交通运输行政执法活动的监督。负责交通运输法治宣传教育。指导全市交通运输行业法治工作。牵头信用交通建设工作。
（五）综合规划处。参与拟订全市综合交通运输发展规划。组织拟订公路、水路、港口专项规划。会同拟订综合运输枢纽规划和城市公共交通发展规划。组织拟订交通建设和养护计划。负责交通重大建设项目前期研究和立项、工可的行业管理工作。负责交通运输行业综合统计和年鉴编制。
（六）财务审计处。指导全市交通运输行业财务审计工作。组织编制部门预决算草案，组织和监督部门预算执行。监督指导交通规费政策实施。负责收费公路权益转让和收费的监督管理。负责交通运输内部审计工作。负责国有资产监督、管理工作。负责机关财务管理和会计核算工作。
（七）建设管理处。组织拟订公路、水路、港口建设相关政策、制度和标准，指导全市公路、水路、港口建设管理工作。负责市管公路、水路、港口建设项目设计的行业审查、建设程序、建设市场、质量技术、工程造价等监督管理。负责全市交通建设行业管理。协调推进公路、水路、港口重大项目建设。
（八）设施管理处。组织拟订公路、水路、港口等基础设施养护、管理相关政策、制度和标准。指导全市交通基础设施维护、管理工作。负责市管公路、水路、港口等基础设施大中修工程设计审查、养护市场、质量安全、工程造价和交竣工验收管理。负责全市公路、水路、港口等基础设施运营和养护行业管理。负责国省道、航道网络的运行监测和协调，指导农村路网的运行监测和协调工作。
（九）综合交通处
（挂多式联运办公室牌子）。负责牵头协调公路、水路、铁路、民航等综合运输体系建设。协调推进交通运输结构调整和交通物流发展。负责推进多式联运发展。参与研究拟订涉及铁路、民航、邮政等发展规划和支持政策。指导全市综合交通枢纽建设与运营管理。组织协调国家重点物资应急运输。承担市海铁联运联席会议办公室和牵头市交通拥堵治理工作领导小组办公室的日常工作。
（十）综合运输处。负责市本级职权范围内的道路运输、公共交通等市场监管。指导全市道路运输、公共汽电车、轨道交通运营、出租汽车、汽车租赁、机动车维修与驾驶员培训、营运车辆综合性能检测等行业监管。协调租赁自行车运营管理。组织协调重大节假日旅客运输和道路旅客应急运输。
（十一）港口水运处。组织拟订港口、水运相关政策、制度、标准。指导全市港政、水运行业管理。负责港口岸线使用管理、引航管理、港口设施保安履约工作。负责市本级职权范围内的港口经营市场、水运管理。负责港口的国内外交流与合作。负责港口、水运事务协调和服务。负责渔船检验的监督管理。
（十二）安全监督处。负责全市交通运输行业安全生产综合监督管理工作。指导、协调全市交通运输行业平安交通建设工作。协调全市交通运输行业突发事件应急管理工作。督促各业务领域履行安全生产监管职责。承担局安委会办公室的日常工作。
（十三）科技信息处。组织拟订交通运输行业科技、信息化、生态保护和节能减排政策和计划。组织实施重大交通科技项目和科技成果推广应用。承担综合交通信息化、数据资源和网络安全管理工作。指导公路、水路行业和港口及其岸线生态保护及修复、节能减排、污染防治等工作。负责交通标准化、计量管理等工作。
（十四）产业发展处。组织拟订综合交通产业发展规划和政策。负责交通运输行业综合经济工作。组织开展交通运输行业经济运行监测分析。负责交通运输产业发展、招商引资、引才引智和对外合作等工作。承担中国航海日论坛的组织实施工作。
（十五）行政审批处。承担交通运输行政审批制度改革相关工作。负责拟订交通运输行政审批工作事项清单、运行规则、操作规范。承担市级行政审批事项受理并牵头办理。指导各区县（市）交通运输行政审批工作。
（十六）宣传教育处。承担局党组意识形态主体责任和理论学习中心组的具体工作。负责交通运输行业的宣传教育和精神文明建设工作。负责新闻发布、行业重大主题宣传活动的组织协调和舆情分析。指导交通运输行业职工教育工作。
直属机关党委。负责机关和所属单位党的建设和群团工作。
