近年来，学院承担了包括国家重点研发项目、科技重大专项、重点国际(地区)合作研究项目、山东省重大科技创新项目等在内的科研课题500余项，获评国家科技进步二等奖一项，山东省十大科技成果奖两项，教育部科技进步一等奖等省部级奖励31项，省级优秀教学成果奖4项。在国内外学术期刊上发表研究论文1400余篇，入选2012年中国百篇最具影响国际学术论文1篇，被SCI、 EI收录800余篇，出版专著10余部。

学院已经建立起了高水平的教学科研平台。学院分析测试平台拥有液相色谱串联质谱仪、气相色谱串联三重四级杆质谱仪、顺磁共振波谱仪、傅里叶变换（显微）红外光谱仪、拉曼光谱仪、原子力显微镜、激光共聚焦显微镜、分子间相互作用仪等高端仪器设备，能够完成对有机化合物、无机化合物、重金属等的快速准确定性、定量工作，对先进材料进行结构解析，高通量筛选代谢物、蛋白质等大分子和化合物的结构与功能分析等，精准快速地认知和解析新型材料，从分子水平揭示微生物技术解决环境问题的机理。本科实验教学中心紧密围绕国家环境保护工作对高水平人才培养的需求以及环境科学与工程专业本科教学体系的要求，以“环境认知—专业实践—管理实习”为主线，依据环境专业学生综合能力的培养规律，设有12个专业实验室，实验室面积1800余平方米，形成了一套有机的环境专业实验和实习教学体系。