茎腐病：发病植株整株萎蔫，茎髓部发黑，多因栽植基质未经消毒带菌引起。该病应以预防为主，栽培基质用98%必速灭颗粒剂200克/立方米或高锰酸钾1000倍液严格消毒；发现带病植株及时清除，并注意水分调控，浇水宜在上午进行。
病毒病：新几内亚风仙极易感病毒病，感病植株叶片、花瓣变窄，花瓣小且皱缩，花色变淡，生长明显弱于正常植株。防治途径为选用无病毒的插穗扦插，及时清除带病植株，防治蚜虫等传毒介体。
新几内亚风仙的主要害虫有蚜虫、蓟马、红蜘蛛等。蚜虫、蓟马可用捕虫板诱杀，红蜘蛛可用8%中保杀螨乳油2500倍液或0.6%虫螨克乳油2000倍液喷雾防治。
