早期管理：当幼苗20%出土后，要适时分批揭草，揭草时动作要轻，以防带掉幼苗。时间最好在下午3-5点时进行。在揭草后及时喷药防止病害，可用多菌灵溶液喷一次，防止因苗木幼嫩而产生病害等。并及时搭置荫棚．荫棚透光度约为10%左右。苗床及时除杂草，除草后结合松土进行施肥。苗木施肥应做到“薄肥勤施”、“由稀到浓”的原则。第一次在苗木出齐20天后进行，施尿素1千克/亩，同时注意防止鼠、鸟啄食和毁坏苗床。早期幼苗生长特点是需肥需水量较小。
中期管理：从6月中旬起进入生长高峰期，可每隔15天施一次尿素肥，一般每次2千克/亩，到8月中旬停上施尿素肥。期间要使苗木快速生长，可在每次抽发嫩叶时，喷施适量浓度的植物生长调节剂，可使苗木旺盛生长。在施肥前2天可进行除草和间苗，第一次间苗在6月上旬，每1耐留苗密度为40株，此时间出的苗可用于补稀，但要带土球；第二次间苗在6月底，每平方米留苗30株；最后一次在7月中旬每平方米保留20株。在除草和间苗前后都要喷水浇灌，每亩保留0.6-0.7万株的产苗量。
后期管理：从8月下旬开始肥水中应增加磷、钾肥，不施氮肥。以增强苗木的抗伏、抗寒性，有利于苗木的后期生长和苗木的木质化，提高苗木的抗冻能力。但要注意的是苗床秋冬季也不能过旱，过旱也会造成苗木死亡。
日本冷杉一年生苗较小，移植培育困难，所以日本冷杉苗需留圃培育3-4年较好。培育其间基本和苗期管理相同。只是施肥量要逐渐增加，也要及时清理圃沟中滑落的泥土。后期如苗床上出现可出圃苗或相对拥挤苗时，也可以提前移植或销售，但移植时间最好是11至次年2月。
