办公室： 组织协调局机关工作；负责本局的重要报告、综合性文件、工作总结汇报起草和重要会议组织；负责本局值班、文秘、信息、保密、档案、信访、政务公开、对外宣传和机关后勤行政管理工作；负责局机关及指导直属事业单位的安全保卫工作。

综合规划科： 组织编制综合交通运输体系规划及公路、水路、港口、航道、地方铁路等发展战略、专项规划，承担有关协调工作；参与拟订物流业发展战略和规划，提出相关政策和标准；承担交通基础设施建设项目前期工作、有关规划、收费公路立项的审核工作；负责提出市有关专项资金和相关收费公路项目还贷资金安排的建议；负责公路、水路、地方铁路、航道运输业技改，更新计划的审查和上报；承担公路、水路交通行业利用外资工作及对外交流与合作工作。

综合运输科： 组织实施重点物资和紧急客货运输；负责监督、管理、调控交通运输市场；负责道路运政管理；指导运输企业优化结构、协调发展；负责道路交通运输业（包括各种营运性运输，含城市公共汽车、出租车、旅游客车运输，危险品货物运输）的行业管理；负责交通运输服务业、营运性客（货）运输停车站（场）、仓储堆存、客货运输代理、机动车维修业、汽车清洗业、汽车租赁、搬运装卸业、机动车驾驶学校、驾驶员培训行业管理，维护交通公路运输业平等竞争秩序；负责营业性汽车驾驶员、机动车维修从业人员上岗培训管理工作；实施对下一级道路运输管理机构工作的指导监督；负责道路运输安全生产管理；负责协助组织道路运输的反走私工作；按规定承担物流市场有关管理工作；组织协调道路、水路、地方铁路等多种运输方式的衔接工作；协调省垂直管理的海事、民航、邮政及铁路等管理机构的涉地相关工作。

基建管理科： 承担公路、水路建设市场的监督管理；承担交通基本建设工程质量、造价监督、工程定额管理和后期评价工作；承担市管建设项目设计、施工许可审查审批和协助国家、省管项目施工许可审批初审工作；负责组织市重点交通建设项目的竣工验收；参与工程质量等级评定和竣工验收工作；指导公路养护和农村公路建设、管理和后期评价工作；负责维护交通行业基本建设市场平等竞争秩序；负责交通行业科技新产品、新成果的推广应用和管理。

地方铁路管理科： 拟订地方铁路建设规划及年度计划；组织编制地方铁路的管理规程和技术规范；承担协调地方铁路之间和地方铁路与国家铁路交接站或换装站接轨事宜；负责地方铁路工程建设市场的监督管理，承担工程质量监督和造价监管工作；拟订地方铁路建设投融资办法；协助城际轨道交通规划、建设和运营。

法规监督科： 负责交通内部执法监督；负责查处、追究交通执法违法行为；协助拟订规章的起草部门拟订交通行业地方性管理规定并负责监督实施；负责交通行政复议和承办局机关行政诉讼案件；指导本系统依法行政和普法教育工作。

安全监督科： 制定并组织实施全市道路、水路交通行业安全生产管理工作规划、计划，建立健全相关的规章制度；指导全市道路、水路交通行业生产的管理工作；监督落实安全生产责任制；组织指导全市安全生产宣传教育工作；按规定组织、参与重大公路、桥梁施工事故的调查处理工作；负责全市交通行业安全生产伤亡事故统计上报工作。

财务审计科： 负责拟订行业财务、审计规章制度和交通资金使用管理制度、办法；负责交通专项资金的拨付和使用监督；负责公路收费站的收费管理；负责办理交通行业有关票据的领发和监督使用；负责局的财务管理；负责编制本局及本行业有关财务报表；负责本局及直属单位固定资产的监管和内部审计工作。

人事科： 负责局机关及指导直属单位的人事、党务、精神文明建设、计生、劳动工资、机构编制及人员培训、考核、选拔、调配、任用和奖惩工作；负责交通队伍思想政治工作和交通行风建设；负责指导机关群众团体工作；负责局机关和指导、检查、督促直属单位离退休人员的管理、服务工作。

港航管理科： 参与拟订水运和港口发展战略；负责水路运政（水运执法除外）和港口行政管理；参与港口规划及建设项目审核；负责对港口公用基础设施的监督管理；负责水路运输、水路运输服务及船舶代理等辅助性业务的行业管理；负责港口及外轮理货、引航等港口辅助业，港口及港航设施建设使用岸线的行业管理；协助管理水路运输有关经费的统筹使用；协助组织征收和管理港口行政管理等相关规费；负责协助组织打击水上走私工作；负责组织实施水路重点物资、军事、防洪抢险、紧急客货运输。

行政执法科： 根据交通行政管理法律、法规、规章，具体行使辖区内的公路运政、水路运政、公路路政、航道行政、港口行政等方面的行政执法职责；对公民、法人或者其他组织遵守交通行政管理法律、法规、规章的情况进行监督检查，依法纠正和查处有关违法违规行为，并对违反交通行政管理秩序的行为实施行政处罚；组织查处重大违法案件；负责协调跨区域的交通执法工作。

交通战备办公室： 交通战备办公室是市国防动员委员会的办事机构，负责拟订本地区有关国防交通工作的规定；规划本地区国防交通网布局；负责对本地区交通建设提出有关国防要求的建议；负责参加有关交通重点工程设施的勘察、设计鉴（审）定和竣工验收工作；拟订本地区国防交通保障计划，组织国防交通保障队伍，为本地区内的军事行动和其他紧急任务组织交通保障；负责本地区的国防运力动员和运力征用；按照国家有关规定，制定和实施本地区的国防交通物资储备计划，调用国防交通物资；组织本地区国防交通科学技术研究及其成果的推广、应用；指导检查、监督本地区国防交通工作，协调处理有关问题；承办上级国防交通主管机构和市人民政府赋予的其他任务；参与公路、水路有关交通战备工作和救灾等综合管理工作。