（一）办公室。负责文电、会务、机要、档案、督查督办等机关日常运转工作；负责重要文件、综合性文稿的起草与综合工作；承担保密、信访、政务公开、人大建议政协提案办理、交通运输行业信息化建设、预备役、交通扶贫和机关后勤管理等工作。组织协调新闻宣传工作。
（二）政策法规股。负责全市综合交通运输发展重大问题的调查研究，组织开展全市交通运输行业有关宏观政策研究；负责全市综合交通运输体制改革有关工作；指导全市交通行政执法和超限超载治理工作；承担规范性文件的合法性审核及备案工作；负责监督实施交通运输有关政策、制度、标准和规范；承担交通运输行政执法的评议考核、监督检查、执法队伍建设、法制培训与宣传工作；组织拟订交通运输行政执法装备标准规范并监督实施，管理交通运输执法证件；牵头做好交通环保和大气污染防治工作；负责交通运输系统扫黑除恶和邪教转化工作；负责组织协调交通运输系统的行政复议、行政诉讼工作；承担交通运输行政审批制度改革和承办有关行政审批工作；负责政务服务中心交通窗口的监督指导工作；承担12345、12380等有关交通运输咨询投诉的协调处理和答复意见工作。
（三）工程计划股。协调有关部门组织编制综合交通运输体系发展规划；组织编制全市交通运输行业中长期规划和年度计划；督促检查交通运输基础设施的建设、养护计划的实施；负责审查交通建设项目前期立项和工程可行性研究报批工作；负责交通运输行业科技工作；负责交通运输行业统计工作；承担交通运输战备有关工作。
（四）建设管理股。负责全市交通项目建设和养护市场监管，负责全市交通建设项目基本建设程序、招投标、工程质量、施工安全、检测验收等监督管理工作；负责督办工地扬尘治理、公路控制区的保洁工作；承担公路、水路建设从业单位和从业人员的信用评价、资质管理工作；指导审查全市交通建设项目初步设计和施工图设计；做好全市交通建设行业信用管理工作；负责监督公路、水路等重大建设工程项目的工程进度、工程质量、工程造价，配合市行政审批局完成交通建设项目竣工验收；指导全市交通建设和养护技术管理工作；组织实施交通运输重大科技项目、科技信息交流工作，组织重大科技成果推广工作，承担交通运输行业有关标准、计量工作；负责全市河库长制和山林长制相关工作。
（五）运输安全股（应急办公室）。负责公路、水路行业安全生产，按规定负责交通运输应急管理工作；指导全市交通安全生产和应急处置体系建设，拟定全市公路、水路应急预案并监督实施；监督指导交通运输行业4G动态视频监控平台和应急处置体系建设；组织实施安全管理目标责任考核、监督检查和宣传教育工作；依法组织或参与有关交通安全事故调查处理工作。
负责全市道路水路运输、城市客运、物流发展及驾驶员培训、维修检测、船舶（渔船）检验和监督管理等相关辅助业的行业指导，监督实施有关政策、制度、标准和规范；参与拟订综合运输发展规划，承担综合运输体系建设有关协调工作；组织拟订公路、水路运输行业发展规划和中长期计划并监督实施；指导公路、水路运输市场监督管理和公路、水路客货运输及站场（停车场）、车辆维修、汽车租赁、驾驶员培训等行业管理；组织协调重点物质运输、紧急客货运输和公路、水路联合运输，承担公路、水路运输市场经济运行分析，参与运输价格管理工作；负责机动车维修污染治理、船舶污染治理、淘汰黄标车等运输环保具体工作和节能减排工作；负责协调铁路、邮政、民航等运输工作。
（六）公路养护股。指导公路基础设施的维护和管理，负责全市国道、省道和农村公路的日常养护、大中修、桥梁维修整治、安防设施、道路抢通保畅和突发灾害处置等工作；负责督促有关单位加强对全市道路路产路权监督管理；参与拟订全市公路养护发展规划、中长期规划、年度养护计划并监督实施。
（七）财务审计股。负责贯彻执行国家财经法律法规及各项财务会计制度；指导全市交通运输系统资金、资产（资本）、债务的管理及筹融资工作；负责机关及直属单位财务监督、内部审计、国有资产管理、政府采购工作；负责交通专项资金的分解、申办及资料、数据的收集上报工作；负责本部门会计人员的继续教育工作；负责经济普查工作；负责对会计核算中心工作的管理、指导和监督，督促做好社会保险的缴纳和对账等工作。
（八）人事股。协助党组落实党建和党风廉政建设主体责任；落实上级安排的党的重大活动；负责机关廉政建设方面政治理论学习和党风廉政教育，协助局党组抓好党员干部教育、管理和监督工作；负责文化宣传和意识形态工作；负责局机关及直属单位的机构编制、干部人事、劳动工资、养老保险基数核定、技术职称、年度考核等工作；指导行业人才队伍建设、智力引进、专业技术等级的培训考核、劳动保护等工作；指导交通运输行业职业教育和培训工作；负责机关和直属单位精神文明建设，指导全市交通运输行业精神文明建设工作；领导和指导群团组织建设；负责出国（境）人员政审工作；负责局机关离退休人员工作，指导直属单位的离退休人员工作，落实老干部的“两个待遇”；协助做好工会、共青团、妇委会和关工委工作，关心交通系统青少年健康成长。
纪检监察机构按有关规定设立。
