直属站：南宁站、南宁南站、柳州站、柳州南站、桂林站、防城港站、湛江站

机务段：南宁机务段、柳州机务段。

南宁机务段（宁局邕段）：负责衡柳铁路、柳南城际铁路、湘桂、焦柳、益湛、黎湛、黔桂、南昆（南宁-靖西）、河茂铁路全境客机和湘桂线屯里—邕宁—南宁南—凭祥区间、南昆线、河茂线、黎湛线、南防线货机，辖南宁运用一车间（客机），南宁运用二车间（货机），百色运用车间，玉林运用车间。

柳州机务段（宁局柳段）：负责衡柳铁路柳州南—柳州西—青茅区间、湘桂铁路衡阳北—南宁南区间、焦柳线怀化—柳州段、益湛线永州—贺州、黔桂线、黎湛线、黎钦—南防线货机，辖桂林机务运用区，金城江机务运用区，以及金红支线的货运机车运用。

客运段：南宁客运段。

货运中心：南宁货运中心、柳州货运中心、南昆货运中心、梧州货运中心、湛江货运中心。

车务段：南宁车务段、柳州车务段、桂林车务段、百色车务段、玉林车务段、梧州车务段。

工务段：南宁工务段、柳州工务段、桂林工务段、桂林高铁工务段、玉林工务段、百色工务段。

工务机械段：柳州工务机械段。

电务段：南宁电务段、柳州电务段。

供电段：南宁供电段、柳州供电段。

通信段：南宁通信段。

车辆段：南宁车辆段（客车）、南宁南车辆段（货车）、柳州车辆段（货车）。

动车所：南宁屯里动车运用所、桂林北动车运用所

生活服务总公司：南宁生活服务总公司。

物资供应段：南宁物资供应段。

房产建筑段：南宁房产建筑段。