根据上述职责，市环境保护局设5个内设机构：

（一）办公室（与纪检组合署）。

组织协调机关日常工作；负责机关的文秘、保密、档案、保卫、财务、督查、督办等行政事务工作；负责环境政务信息和电子政务工作；负责综合性会议的组织工作；负责局机关以及指导直属事业单位的人事、机构编制、劳资、计划生育等工作。指导本市环保系统机构建设、队伍建设和行政体制改革；负责机关和直属单位的离退休人员服务工作；负责局机关和直属单位的思想政治工作、纪检、监察、党群、内部审计工作。

（二）法规宣教科。

组织草拟环境保护综合性规定和规范性文件；负责机关有关规范性文件合法性审核；负责对局行政处罚案件组织初审，负责组织有关行政处罚案件的听证工作，承担局行政处罚案件审理委员会案审办公室的日常工作；办理行政复议、应诉和赔偿工作；组织办理人大议案、建议和政协提案；组织协调环境保护宣传教育工作；承办局新闻审核和发布。

（三）环评审批科。

编制全市综合性环境功能区划和环境保护规划，参与制订和审查全市性专项规划的环境保护内容；组织实施环境影响评价法规、政策，承担权限内的规划环境影响评价、政策环境影响评价和项目环境影响评价管理工作；负责全市建设项目环境影响评价单位的监督管理；对超过污染物排放总量控制指标、生态破坏严重或者尚未完成生态恢复任务的县（市、区），承担暂停审批除污染减排和生态恢复项目外所有建设项目的环境影响评价文件的工作；组织和管理环境保护科技工作，组织拟订地方环境标准和技术规范；开展环境保护的对外交流与合作；协助本市有关部门开展环境保护对外合作项目。

（四）污染防治科。

监督管理全市水、大气、噪声、固体废物、辐射环境与核技术应用、化学品、机动车、光、恶臭的污染防治；监督管理饮用水水源地环境保护工作；建立和组织实施跨县（市、区）水质考核制度；协调解决重大和跨区域的水环境污染问题。综合管理全市自然生态环境保护和农村环境保护；组织编制水、大气、噪声、固体废物污染防治规划和生态环境保护、农村环境保护规划；组织开展全市生态状况评估和农村生态环境保护工作；组织指导农村环境综合整治与生态建设工作；负责核发水、大气、噪声等排污许可证；负责固体废物和辐射环境管理的行政许可；牵头组织强制性清洁生产审核工作。

（五）环境监察局。

指导、监督、协调全市环境保护综合行政执法工作；监督检查环境保护法律、法规、标准的执行情况；组织协调全市重大环境事件的应急工作和调查处理；协调处理跨县环境污染事故和纠纷；承办重大环境信访案件的调查处理；组织实施建设项目环境保护“三同时”、竣工验收等工作；监督检查污染治理设施运行情况以及限期治理项目任务完成情况；负责申请上市企业的环保核查与环保守法证明的审核工作；指导全市排污申报核定以及排污费征收管理工作并进行稽查；实施行政处罚。