选择20～ 40年生，生长健壮，产量高的母树采种。9～ 11月间，当核果由红色变为铜绿色时及时采果，否则10 d后自行脱落。铜绿色核果具成熟饱满的种子，红色、淡红色果多为空粒。将采收后的种子浸入混草木灰的温水中浸泡数日，或用5% 的石灰水浸泡2～ 3 d，然后搓洗,除去种皮蜡质，捞出种子用清水洗净，晾干后播种或贮藏。
10月中上旬，黄连木种子成熟后随采随播，种子不作处理也可成苗。一般在11月上、中旬土壤封冻前，将种子用草木灰水或石灰水浸泡后将脱去果皮的种子直接播种，翌春出苗早，生长健壮，但要注意防止鼠害。
种子经过沙藏处理后，一般在3月中旬至4月中上旬播种，苗高10 cm时即可间苗、定苗，苗株距5～ 10 cm，定苗后视苗木生长情况，进行追肥、浇水、除草、松土，促进苗木健壮生长。一般当年苗高可达60～ 100 cm，产苗量30～ 40万株/hm2。秋季落叶后即可出圃造林 。
