（一）内设处室
1、综合处（人事处、党委办公室、离退休办公室、监察室）
2、计划处
3、财务处（审计室）
4、水文站网处（水文水资源调查评价资质管理办公室）
5、水文监测处
6、水资源监测与评价处
7、水质监测与评价处
8、通信管理处
9、信息化处
10、国际河流水文处
11、科技教育处（《水文》杂志编辑部）
（二）所属事业单位
1、水利部水文情报预报中心
2、水利部地下水监测中心
3、网络中心（水利部网站）
4、通信运行维护中心
5、水利数据中心
三、人员编制
核定水文局事业编制160名。其中，局级领导职数7名，处级领导职数56名 。
